Я пытаюсь удалить пустых детей из моего дерева d3js

Вы фильтруете d.data.children > 0, но в вашем примере объекта у вас есть два типа объектов

1. объект, содержащий name, value, children и т. д.
2. пустой массив (который, как я предполагаю, является дочерним элементом, которого вы хотите удалить)

Не видя, как вы в первую очередь получаете массив children, я бы посоветовал вам попробовать исправить свой восходящий процесс, который приводит к тому, что в этой коллекции находится пустой массив. В противном случае, вот способ очистить данные, прежде чем вы начнете вводить их в свою диаграмму d3:

let data = {
    name: 'Company A',
    value: 0,
    children: [
        { name: 'Exchanges', value: 0, children: [{...}], type: 'node', url: '#' },
        { name: 'Operations', value: 0, children: [{...}], type: 'node', url: '#' },
        { name: 'Management', value: 0, children: [{...}], type: 'node', url: '#' },
        [],
        { name: 'Support', value: 0, children: [{...}], type: 'node', url: '#' }
    ]
}

const filterFunc = (node) => {
    // make sure we are working with the right data here to prevent errors
    if (node && node.children && Array.isArray(node.children)) {

        // filter out any children which are not objects
        // you can put more logic here for even better data hygiene, 
        //    such as checking for required fields like `name`
        node.children = node.children.filter(child => !Array.isArray(child));

    } else {
        // here you can ensure each node has a valid `children` property
        node.children = []
    }

    // recursively call `filterFunc` down the tree until all nodes are validated
    node.children.forEach(child => filterFunc(child));
}

// call `filterFunc` on the root node
filterFunc(data);

// I didn't test this part, but you probably need to `.length` your array check
var nodes = treeData.descendants()
                .filter(function (d) {
                    if (d.data.children.length > 0) {
                        return d.data.value ;
                    }
                });