Есть ли в Java несколько входных JOptionPane?

Объект, который вы передаете в качестве сообщения JOptionPane, может быть графическим компонентом, поэтому должно работать что-то вроде этого:

JPanel panel = new JPanel();
// Populate your panel components here.
int ret = JOptionPane.showConfirmDialog(parent, panel, "Title", JOptionPane.YES_NO_OPTION);
if ( ret == JOptionPane.YES_OPTION )
{
  // Read component values.
}