Заголовки уже отправлены, но не знаю, почему

Выяснил мою проблему, проблема была next() ближе к концу, она вызывалась после res.send/json, который пытался снова передать/установить заголовки.

Предложите использовать новый await/async, стиль обратного вызова подвержен ошибкам, трудности с организацией асинхронного управления следуют.

Express framework - это стиль обратного вызова, вы можете использовать https://github.com/tj/co внутри ваш обработчик для использования await/async, но, наконец, http://koajs.com/ лучше.

Поскольку вы разобрались со своей проблемой, не стесняйтесь отметить свой ответ как правильный ответ!

Я пошел дальше и написал фрагмент кода выше, используя синтаксис async/await ES7. Хотя код может выглядеть длиннее, он предназначен для облегчения понимания. Я также расширил все функции возврата и добавил комментарии, что способствовало увеличению длины.

/*
 * Notice how the keyword `async` is in front of the arrow function. 
 * This tags the function as asynchronous and returns a promise. 
 * It also allows us to use the `await` keyword which waits for the function 
 * to return whatever follows the await keyword. Only after it returns will 
 * the function continue.
 */ 
exports.confirmationPost = async (req, res, next) => {
    // The await keyword here makes sure that Token.findOne() returns (resolves/rejects promise) before continuing the function.
    // However, this DOES NOT mean that the program hangs, as it would for a synchronous function. 
    // Other functions can run while this instance of the function waits for Token.findOne() to return.
    let token = await Token.findOne({ token: req.body.token });

    // Once Token.findOne returns, you have access to a then callback.
    token.then((err, token) => {
        if (!token) { 
            // While this is completely fine, I suggest you use next() and pass in an error obj to it and let your middleware handle the return of the error to the client.
            return res.status(400).send({ 
                type: 'not-verified', 
                message: 'We were unable to find a valid token. Your token my have expired.' 
            });
        }

        // Once again, we use await to wait for User.findOne() to return.
        let user = await User.findOne({ _id: token._userId });

        // Once User.findOne returns, you have access to a then callback.
        user.then((err, user) => {
            if (!user) {
                return res.status(400).send({ 
                    message: 'We were unable to find a user for this token.' 
                });
            }
            if (user.isVerified) {
                return res.status(400).send({ 
                    message: 'This user has already been verified.' 
                }); 
            }

            // Verify and save the user
            user.isVerified = true;

            // You can simply chain the then callback instead of making a new variable.
            user.save().then(err => {
                if (err) { 
                    return res.status(500).send({ 
                        message: err.message 
                    }); 
                }
                res.redirect(`${config.siteURL}/dash`);
            });
        });
    });
}

Ознакомьтесь с этими двумя ссылками ниже, которые действительно попадут в самую точку, когда дело доходит до использования промисов и асинхронности/ожидания с Node и Mongo.

1. https://medium.com/@rossbulat/using-promises-async-await-with-mongodb-613ed8243900
2. http://www.codingpedia.org/ama/cleaner-code-in-nodejs-with-async-await-mongoose-calls-example