Загрузка в тег script из отдельного файла php не работает

Вы можете попробовать что-то вроде этого для печати с PHP с помощью js

<script>
    var xhr = new XMLHttpRequest();
    var url = "example.php";
    var method = "GET";
    xhr.open(method, url, true);
    xhr.responseType = "text";
    xhr.onload = function () {
        if (xhr.readyState === xhr.DONE) {
            if (xhr.status === 200) {
                var outputDiv = document.getElementById("effect-container");
                outputDiv.innerHTML = xhr.response;
                // Evaluate the script
                eval(outputDiv.getElementsByTagName('script')[0].innerHTML);
            } else {
                console.info("Error: " + xhr.status);
            }
        }
    };
    xhr.send();
</script>

в example.php вы можете иметь,

echo '<p>this is printable script</p>';

В вашем случае это код,

function updateEffectContainer(effect) {
        var xhr = new XMLHttpRequest();
        const url = 'effect' + effect + '.php';

        var method = "GET";
        xhr.open(method, url, true);
        xhr.responseType = "text";
        xhr.onload = function () {
            if (xhr.readyState === xhr.DONE) {
                if (xhr.status === 200) {
                    var outputDiv = document.getElementById("effect-container");
                    outputDiv.innerHTML = xhr.response;
                    // Evaluate the script
                    eval(outputDiv.getElementsByTagName('script')[0].innerHTML);
                } else {
                    console.info("Error: " + xhr.status);
                }
            }
        };
        xhr.send();
    }

И PHP есть,

echo '<p>test</p>
<script type = "text/javascript">
    alert("test-alert");
</script>';