Здесь проблема в сценариях R

Я пытаюсь понять, как здесь() будет работать переносимым способом. Найдено: посмотрите, что работает позже, в разделе «Окончательный ответ» — TL; DR — в нижней строке, here() на самом деле не так уж полезно запускать script.R из командной строки.

Как я это понимаю с помощью JBGruber: here() ищет корневой каталог проекта (например, проект RStudio, проект Git или другой проект, определенный с помощью файла .here), начиная с текущего рабочего каталога и продвигаясь вверх, пока не найдет любой проект. Если он ничего не находит, он возвращается к использованию полного рабочего каталога. Что в случае запуска скрипта cron по умолчанию будет моим домашним каталогом. Можно, конечно, передать каталог в качестве параметра через команду cron, но это довольно громоздко. Ниже ответы дают хорошие объяснения, и я резюмировал то, что я нашел наиболее полезным в разделе «Окончательный ответ». Но не заблуждайтесь, ответ Николы тоже очень хорош и полезен.

Первоначальная цель — написать набор R-скриптов, включая R-markdown .Rmd, чтобы я мог заархивировать каталог, отправить кому-то другому, и он запустился на их компьютере. Потенциально на очень слабом компьютере, таком как RaspberryPi или на старом оборудовании под управлением Linux.

Условия:

• можно запустить из командной строки через Rscript
• как указано выше, но запланировано через cron
• Основным методом настройки рабочего каталога является set_here() - выполняется один раз из консоли, а затем папка становится переносимой, поскольку файл .here включен в заархивированный каталог.
• не нуждается Rstudio - следовательно не хочет делать R-проекты
• также можно запустить в интерактивном режиме из Rstudio (разработка)
• может быть выполнено из shiny (я предполагаю, что все будет в порядке, если будут выполнены вышеуказанные условия)

Я специально не хочу создавать проекты Rstudio, потому что, на мой взгляд, это требует установки и использования Rstudio, но я хочу, чтобы мои сценарии были как можно более переносимыми и работали на платформах с низким уровнем ресурсов, без головы.

Образец кода:

Предположим, что рабочий каталог будет myGoodScripts следующим образом:

/Users/john/src/myGoodScripts/

при запуске разработки я бы перешел в указанный выше каталог с помощью setwd() и выполнил set_here(), чтобы создать .here файл. Далее идут 2 скрипта dataFetcherMailer.R, dataFetcher.Rmd и поддиректория bkp:

dataFetcherMailer.R

library(here)
library(knitr)

basedir <- here()
# this is where here should give path to .here file

rmarkdown::render(paste0(basedir,"/dataFetcher.Rmd"))

# email the created report
# email_routine_with_gmailr(paste0(basedir,"dataFetcher.pdf"))
# now substituted with verification that a pdf report was created
file.exists(paste0(basedir,"/dataFetcher.pdf"))

dataFetcher.Rmd

---
title: "Data collection control report"
author: "HAL"
date: "`r Sys.Date()`"
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
library(knitr)
library(here)

basedir <- here()

# in actual program this reads data from a changing online data source
df.main <- mtcars

# data backup
datestamp <- format(Sys.time(),format = "%Y-%m-%d_%H-%M")
backupName <- paste0(basedir,"/bkp/dataBackup_",datestamp,"csv.gz")
write.csv(df.main, gzfile(backupName))
```

# This is data collection report

Yesterday's data total records: `r nrow(df.main)`. 

The basedir was `r basedir`

The current directory is `r getwd()`

The here path is `r here()`

Думаю, последние 3 строки в отчете будут совпадать. Даже если getwd() не совпадает с двумя другими, это не имеет значения, потому что here() обеспечит абсолютный базовый путь.

Ошибки

Конечно - вышеописанное не работает. Это работает, только если я запускаю Rscript ./dataFetcherMailer.R из того же myGoodScripts/ каталога.

Моя цель - понять, как выполнять сценарии, чтобы относительные пути разрешались относительно местоположения сценария, и сценарий можно было запускать из командной строки независимо от текущего рабочего каталога. Теперь я могу запустить это из bash, только если я сделал cd в каталоге, содержащем скрипт. Если я назначу cron выполнение сценария, рабочим каталогом по умолчанию будет /home/user, и сценарий завершится ошибкой. Мой наивный подход, который независимо от текущего рабочего каталога оболочки basedir <- here() должен указывать точку файловой системы, из которой могут быть разрешены относительные пути, не работает.

От Rstudio без предварительного setwd()

here() starts at /home/user
Error in abs_path(input) : 
The file '/home/user/dataFetcher.Rmd' does not exist.

Из bash с помощью Rscript, если cwd не установлен в каталог сценария.

$ cd /home/user/scrc
$ Rscript ./myGoodScripts/dataFetcherMailer.R 
here() starts at /home/user/src
Error in abs_path(input) : 
The file '/home/user/src/dataFetcher.Rmd' does not exist.
Calls: <Anonymous> -> setwd -> dirname -> abs_path

Если бы кто-то мог помочь мне понять и решить эту проблему, это было бы здорово. Если существует другой надежный метод установки базового пути без here(), я хотел бы знать. В конечном итоге выполнение скрипта из Rstudio имеет гораздо меньшее значение, чем понимание того, как выполнять такие скрипты из commandline/cron.

Обновление после ответа JBGruber:

Я немного изменил функцию, чтобы она могла возвращать либо имя файла, либо каталог для файла. В настоящее время я пытаюсь изменить его, чтобы он работал, когда файл .Rmd связан из Rstudio и в равной степени запускался через файл R.

here2 <- function(type = 'dir') {
  args <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  if ("RStudio" %in% args) {
    filepath <- rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
  } else if ("interactive" %in% args) {
    file_arg <- "--file = "
    filepath <- sub(file_arg, "", grep(file_arg, args, value = TRUE))
  } else if ("--slave" %in% args) {
    string <- args[6]
    mBtwSquotes <- "(?<=')[^']*[^']*(?=')"
    filepath <- regmatches(string,regexpr(mBtwSquotes,string,perl = T))
  } else if (pmatch("--file = " ,args)) {
    file_arg <- "--file = "
    filepath <- sub(file_arg, "", grep(file_arg, args, value = TRUE))
  } else {
    if (type == 'dir') {
      filepath <- '.'
      return(filepath)
    } else {
      filepath <- "error"
      return(filepath)
    }
  }
  if (type == 'dir') {
    filepath <- dirname(filepath)
  }  
  return(filepath)
}

Однако я обнаружил, что commandArgs() наследуются от сценария R, т. е. они остаются неизменными для документа .Rmd, когда он связан из script.R. Поэтому универсально можно использовать только местоположение basepath from script.R, а не имя файла. Другими словами, эта функция при размещении в .Rmd файле будет указывать на вызывающий script.R путь, а не на .Rmd путь к файлу.

Окончательный ответ (TL;DR)

Поэтому более короткая версия этой функции будет более полезной:

here2 <- function() {
  args <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  if ("RStudio" %in% args) {
    # R script called from Rstudio with "source file button"
    filepath <- rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
  } else if ("--slave" %in% args) {
    # Rmd file called from Rstudio with "knit button"  
    # (if we placed this function in a .Rmd file)
    file_arg <- "rmarkdown::render"
    string <- grep(file_arg, args, value = TRUE)
    mBtwQuotes <- "(?<=')[^']*[^']*(?=')"
    filepath <- regmatches(string,regexpr(mBtwQuotes,string,perl = T))
  } else if ((sum(grepl("--file = " ,args))) >0) {
    # called in some other way that passes --file= argument
    # R script called via cron or commandline using Rscript
    file_arg <- "--file = "
    filepath <- sub(file_arg, "", grep(file_arg, args, value = TRUE))
  } else if (sum(grepl("rmarkdown::render" ,args)) >0 ) {
    # Rmd file called to render from commandline with 
    # Rscript -e 'rmarkdown::render("RmdFileName")'
    file_arg <- "rmarkdown::render"
    string <- grep(file_arg, args, value = TRUE)
    mBtwQuotes <- "(?<=\")[^\"]*[^\"]*(?=\")"
    filepath <- regmatches(string,regexpr(mBtwQuotes,string,perl = T))
  } else {
    # we do not know what is happening; taking a chance; could have  error later
    filepath <- normalizePath(".")
    return(filepath)
  }
  filepath <- dirname(filepath)
  return(filepath)
}

NB: из файла .Rmd, чтобы попасть в каталог, содержащий файл, достаточно вызвать normalizePath("."), который работает независимо от того, вызываете ли вы файл .Rmd из скрипта, командной строки или из Rstudio.