Я настраиваю приложение Python, которое использует mongodb (через pymongo).
Мне нужно перезаписать содержимое всего документа. Это можно сделать с помощью Обновить или заменять. Тем не менее, документация mongo не содержит явных сведений об атомарности этих операций — говорится только о том, что отдельные операции записи являются атомарными, без объяснения того, используется ли при обновлении или замене несколько операций записи.
Кто-нибудь точно знает, является ли любая из этих операций полностью атомарной?

find_and_modify устарел в драйвере pymongo. Вместо этого используйте один из:
Первоначальный find_and_modify мог изменить несколько документов, что, вероятно, не то, что было задумано, и также не атомарно.
Чтобы увидеть действительно совместимую с ACID последовательность изменений в MongoDB, посмотрите ACID-транзакции MongoDB. Поддерживается начиная с MongoDB 4.0, выпущенного в прошлом году.