Доктрина ЕСЛИ Заявление

вам понадобятся DoctrineExtnesions ( https://github.com/beberlei/DoctrineExtensions )

orm:
    ..
    entity_managers:
            ....
            dql:
                ....
                string_functions:
                    IF: DoctrineExtensions\Query\Mysql\IfElse

но изменение объекта таким образом не является хорошей практикой.

По умолчанию Doctrine не поддерживает выражения IF. Вместо этого поддерживаются выражения CASE, которые можно преобразовать в: CASE t.deleted WHEN 1 THEN 4 ELSE t.status END

Ваш исходный запрос, преобразованный в ORM QueryBuilder, будет выглядеть так:

$this->createQueryBuilder('t')
    ->addSelect('CASE t.deleted WHEN 1 THEN 4 ELSE t.status END AS status')
    ->where('t.status LIKE :status')
    ->orderBy('t.createdAt', 'DESC')
    ->setParameter('status', $status)
    ->setMaxResults($limit)
    ->getQuery()
    ->getResult();

Однако это не изменит значение, отправленное объекту, а вместо этого создаст результат вложенного массива с разделенным значением status.

array
    array
        [0] => Entity (Object)
        ['status'] => 4
    array
        [0] => Entity (Object)
        ['status'] => 4

    // ...