Фильтрация ключей массива

Вы можете использовать цикл для всего объекта в массиве:

var body = {
    "custom_fields": [{
        "label": "membership_id",
        "data": "1",
    }, {
        "label": "service_id",
        "data": "1",

    }, {
        "label": "user_id",
        "data": "26134",
    }]
};
var res = [];

body.custom_fields.forEach((item)=> {
 var obj = {};
 obj[item['label']] = item['data'];
 res.push(obj);
});
console.info(res);

...in minimum computations

Что ж, повторный цикл по массиву - это не минимум. Вы бы использовали цикл один, возможно, довольно скучный:

var membershipId, serviceId, userId;
var fields = body.custom_fields;
for (var i = 0, len = fields.length; i < len; ++i) {
    var entry = fields[i];
    switch (entry && entry.label) {
        case "membership_id":
            membershipId = entry.data;
            break;
        case "service_id":
            serviceId = entry.data;
            break;
        case "user_id":
            userId = entry.data;
            break;
    }
}

Живой пример:

var body = {
    "custom_fields": [{
        "label": "membership_id",
        "data": "1",
    }, {
        "label": "service_id",
        "data": "1",

    }, {
        "label": "user_id",
        "data": "26134",
    }]
};

var membershipId, serviceId, userId;
var fields = body.custom_fields;
for (var i = 0; i < fields.length; ++i) {
    var entry = fields[i];
    switch (entry && entry.label) {
        case "membership_id":
            membershipId = entry.data;
            break;
        case "service_id":
            serviceId = entry.data;
            break;
        case "user_id":
            userId = entry.data;
            break;
    }
}

console.info(membershipId, serviceId, userId);

Не интересно, но вы сказали «с минимальными вычислениями». :-)

Это не самый лучший способ лаконичный, но, вероятно, самый эффективный способ выполнения. Возможные настройки:

• Если вы знаете, что записи null или undefined никогда не будет, вы можете удалить часть entry && из switch.

• Если будет много записей, которые не соответствуют ни одному из случаев, вы можете остановиться раньше, если у вас есть все, что вам нужно.

Вы можете использовать объект и собрать все данные для последующего использования с этикеткой.

var body = { custom_fields: [{ label: "membership_id", data: "1" }, { label: "service_id", data: "1" }, { label: "user_id", data: "26134" }] },
    allData = Object.create(null);

body.custom_fields.forEach(({ label, data }) => allData[label] = data);

console.info(allData);

Вы можете создать объект Map и получить из него значения:

let body = {"custom_fields": [{"label": "membership_id","data": "1",}, {"label": "service_id", "data": "1"}, {"label": "user_id","data": "26134"}]},
    map = new Map(body["custom_fields"].map(o => [o["label"], o["data"]]));

let membershipId = map.get("membership_id");
let serviceId    = map.get("service_id");
let userId       = map.get("user_id");

console.info(membershipId, serviceId, userId);

Для этого удобно использовать Reduce:

const result = body.custom_fields
.reduce((acc, entry) =>
  (acc[entry.label] = acc[entry.value], acc)
, {})