Измените файлы xml в файле jar с помощью Java

В Java API есть классы для управления файлами JAR.

Вы можете использовать классы Java ZipFile и ZipEntry для чтения содержимого файла JAR, а затем использовать ZipOutputStream для создания нового.

Конечно:

File tmp = new File ("tmp");
tmp.mkdirs();
Process unjar = new ProcessBuilder ("jar", "-xf", "myjar.jar", tmp.getName ()).start();
unjar.waitFor();
// TODO read and update persistence.xml
Process jar = new ProcessBuilder ("jar", "-cf", "myjar.jar", tmp.getName()).start();
jar.waitFor();