Как бы вы перешли с Prototype на jQuery?

Лично мне нравится действовать поэтапно, поэтому я бы начал с обоих, например:

jQuery.noConflict();

// Put all your code in your document ready area
jQuery(document).ready(function($){
  // Do jQuery stuff using $
  $("div").hide();
});

// Use Prototype with $(...), etc.
$('someid').hide();

Таким образом, вам не нужно преобразовывать весь свой старый код сразу, но вы можете начать использовать jquery для новых вещей и перенести свой старый код прототипа, когда это будет удобно. Я не знаю размера вашего проекта, поэтому не могу сказать, применимо ли это к вам или нет, но у Спольски была отличная статья о «Большом переписывании» и о том, почему это такая плохая идея в Чего никогда не следует делать, часть 1. Это стоит прочитать!

Для получения дополнительной информации об использовании jquery с Prototype см. Использование jQuery с другими библиотеками в документации jquery.