Как использовать Linq для установки атрибутов на основе счетчика

XElement xml = GetXml();
var i = 0;
foreach (var e in xml.Elements("bar"))
  e.SetAttributeValue("id", i++);

Вы можете сделать это с помощью методов linq вместо foreach, но это не так уж важно:

XElement xml = GetXml();
int updatedElements = xml.Elements("bar")
    .Select((x, i) =>
    {
        x.SetAttributeValue("id", i);
        return x;
    })
    .Count();

Здесь метод Count () необходим для перечисления запроса. Все, что перечисляет запрос, подойдет.

Если использование Select в качестве мутатора вас беспокоит (как и меня), используйте вместо него List (T) .ForEach:

XElement xml = GetXml();
xml.Elements("bar")
    .Select( (x, i) => new {x, i})
    .ToList()
    .ForEach(a => a.x.SetAttributeValue("id", a.i));