Как объединить несколько файлов H5 в один файл H5 с помощью Python и h5py?

Мой исходный ответ копировал только имена групп из группы '/SRR6XX/SRR630' в исходных файлах в основной (целевой) файл. ОП прокомментировал, что они хотят «скопировать имена групп вместе с их наборами данных». Я обновил свой ответ, чтобы отразить этот запрос. Требуется всего лишь изменение 1 строки. (Для справки, строка создания групп закомментирована.)

Вот изменения в исходном коде, необходимые для того, чтобы это заработало:

1. Для добавления новых объектов основной (целевой) файл должен быть открыт в режиме добавления.
2. ts_key в вашем цикле — это имя объекта (а не объект). Используйте .items() для получения имен и объектов (или просто ссылайтесь на объект по имени).
3. Вы создаете новый объект в основном (целевом) файле на корневом уровне. Вам необходимо изменить ссылку на соответствующий групповой объект (main_file_timestamp_dtset_obj)

Измененный код ниже:

def your_function:

  with h5py.File(main_h5_path, 'a') as h5_main_file_obj: # need Append mode to add groups
    # return if H5 doesn't contain any data
    if len(h5_main_file_obj.keys()) == 0:
        return
    main_file_timestamp_dtset_obj = h5_main_file_obj['/SRR6XX/SRR630']

    for file in h5_files:
        with h5py.File(file, 'r') as h5_sub_file_obj:
            # return if H5 doesn't contain any data
            if len(h5_sub_file_obj.keys()) == 0:
                continue
            sub_file_timestamp_dtset_obj = h5_sub_file_obj['/SRR6XX/SRR630']
            # h5_main_file_obj.create_dataset(sub_file_timestamp_dtset_obj)
            for ts_key in sub_file_timestamp_dtset_obj.keys():
                print('ts_key:', ts_key)
                # This only creates group:
                #main_file_timestamp_dtset_obj.create_group(ts_key)
                # This copies Group and its objects (groups or datasets):
                grp_path = 'SRR6XX/SRR630/' + ts_key
                h5_sub_file_obj.copy(h5_sub_file_obj[grp_path], main_file_timestamp_dtset_obj)

Я написал другое решение, более компактное и перед копированием проверяет, являются ли исходные объекты группами. См. ниже. Еще одна проверка, которую следует учитывать: конфликты с существующими именами групп в основном (целевом) файле перед копированием каждой группы. Как отмечалось в моем комментарии, рассмотрите возможность использования внешних ссылок, чтобы избежать дублирования данных.

def my_function():
      
    with h5py.File(main_h5_path, mode='a') as h5ft:
        if len(h5ft.keys()) == 0:
            return
        for h5_source in h5_files:
            with h5py.File(h5_source,'r') as h5fs:
                if len(h5ft.keys()) == 0:
                    continue
                for grp_name, h5_obj in h5fs['SRR6XX/SRR630'].items(): 
                    if isinstance(h5_obj,h5py.Group):
                        # This only creates group:
                        #h5ft['SRR6XX/SRR630'].create_group(grp_name) 
                        # This copies Group and its objects (groups or datasets):
                        grp_path = 'SRR6XX/SRR630/' + grp_name
                        h5fs.copy(h5fs[grp_path], h5ft['SRR6XX/SRR630'])