Как получить номер PR в probot nodejs github, прослушивающем событие `pull_request`

Поле, которое вас интересует, находится внутри обратного вызова:

export = (app: Application) => {
  app.on('pull_request', async (context) => {
    const payload = context.payload
    // ...
  })
}

Это соответствует полезным нагрузкам, перечисленным на странице GitHub Webhook Events: https://developer.github.com/webhooks/#events.

Вас интересует полезная нагрузка context.payload, которую можно найти здесь: https://developer.github.com/v3/activity/events/types/#pullrequestevent

И pull_request — это важная информация, которая вам нужна:

export = (app: Application) => {
  app.on('pull_request', async (context) => {
    const payload = context.payload
    const number = payload.pull_request.number
  })
}