Как правильно хранить данные conf приложения на Java?

Вы можете посмотреть Пакеты ресурсов.

Для конфигурации, специфичной для пользователя, вы можете записать файл конфигурации в папку, на которую указывает системное свойство user.home. Конечно, будет работать только на этой машине.

Это зависит от вашего типа приложения J2SE:

• Исполняемый JAR-файл J2SE (очень простой): используйте user.home Системное свойство, чтобы найти домашний каталог. Затем создайте подкаталог (например, PGP, SVN, ... do)
• Java Web Start предоставляет очень хорошие включенные методы для защиты свойств. Всегда под конкретного пользователя
• Наконец, Eclipse RCP: у вас есть понятие рабочего пространства (также полученного из user.home) для пользователей и конфигурации (не совсем уверен, как получить доступ к этому сложному в Vista) для широкого использования компьютера

Все эти подходы при осторожном использовании - используйте правильный separatorChar - ОС нейтральна.

В Java есть библиотека специально для этого в java.util.prefs.Preferences.

Preferences userPrefs = Preferences.getUserNodeForPackage(MyClass.class); // Gets user preferences node for MyClass
Preferences systemPrefs = Preferences.getSysteNodeForPackage(MyClass.class); // Gets system preferences node for MyClass
Preferences userPrefsRoot = Preferences.getUserRoot(); // Gets user preferences root node
Preferences systemPrefsRoot = Preferences.getSystemRoot(); // Gets system preferences root node

Я использую это

    String pathFile = null;
    if (OS.contains("win")){
        pathFile = System.getenv("AppData");
    }else{
        pathFile = System.getProperty("user.home");
    }

Я сохраняю настройки своего приложения здесь C: \ Users \ USERNAME \ AppData \ в Windows user.home (/ home / USERNAME) на других платформах