AWS предоставляет файл .pem с экземпляром EC2. Есть ли способ сохранить его постоянно, чтобы мне не нужно было ссылаться на него каждый раз, когда я пытаюсь подключиться?





Вы можете указать, какой ключ использовать для конкретного хоста, в вашем файле .ssh/config.
Пример:
Host aws-instance
HostName <IP or hostname>
User ubuntu
IdentityFile /home/username/.ssh/key.pem
Это даже позволяет вам не указывать имя пользователя при подключении, просто выполните
ssh aws-instance
Подробную информацию о возможных параметрах конфигурации см. в статье https://linux.die.net/man/5/ssh_config.