Как выполнить цикл и итерацию скрипта в R?

Я написал это на основе приведенных имен файлов примеров:

file_names <- c("M3.1_IPA.txt","M8.1_IPA.txt","M8.2_IPA.txt","M8.3_IPA.txt")

Самый простой способ — перебрать 1:length(file_names) и создать уникальный набор выходных файлов для каждой итерации. В соответствии с вашим вопросом вы хотите сохранить результаты в разные папки. Это можно сделать, извлекая имя файла (удалив .txt), а затем создав новый каталог с этим именем. Затем вы можете сохранить все свои выходные данные для этой итерации в новый каталог.

Затем создается новый каталог для следующей итерации, поэтому вы не сохраняете предыдущие результаты.

for(i in 1:length(file_names)){
  Data_file <- read.csv(file = paste0("./",file_names[i]), stringsAsFactors = FALSE, check.names = FALSE)

  Module_10_1 <- Data_file[,1]
  Module_10_1_geneLists <- list(Module_10_1_geneListName=Module_10_1)
  
  data(motifAnnotations_hgnc)
  motifRankings <- importRankings("./hg19-tss-centered-10kb-7species.mc9nr.feather")
  
  
  motifs_AUC <- calcAUC(Module_10_1_geneLists, motifRankings, nCores=1)
  Type = "Enrichment"
  Module = "M10_1"
  auc <- getAUC(motifs_AUC)
  
  # Extract the file name without the extension, so the directory with the results
  # will correspond to this name:
  new_directory_name <- gsub(x = file_names[i],pattern = "(.*)\\.txt","\\1")
  #Create the new directory:
  dir.create(new_directory_name)

  ##Export the plots##
  # Save to the new directory
  pdf(paste0(new_directory_name,"/",Type,"_", Module,"_AUC_Histogram_Plot.pdf"), height = 5, width = 10) 
  hist(auc, main = "Module_10_1", xlab = "AUC histogram",
       breaks=100, col = "#ff000050", border = "darkred")
  nes3 <- (3*sd(auc)) + mean(auc)
  abline(v=nes3, col = "red")
  dev.off()

}

Я опустил остальную часть вашего скрипта, потому что решение для сохранения motifEnrichmentTable_wGenes_v1.csv, _Sig_Genes_Plot.pdf и других выходных данных такое же, как и выше с _AUC_Histogram_Plot.pdf. Вам просто нужно записать эти выходные данные в новый каталог с помощью paste0(new_directory_name,"/",<insert-output-name>).

Если у вас много файлов, вместо создания вектора вручную file_names вы можете искать в локальном каталоге файлы, соответствующие правильному шаблону. например

all_files <- dir()
file_names <- grep(all_files,pattern = "*.txt$",value = TRUE)

вернет все файлы .txt в локальном каталоге. Вы можете уточнить его, если это должны быть только файлы .txt, начинающиеся с «M»:

all_files <- dir()
file_names <- grep(all_files,pattern = "^M.*.txt$",value = TRUE)

Вы бы сделали это, если не все файлы .txt в локальном каталоге являются входными файлами, и вам может потребоваться дополнительно уточнить шаблон регулярного выражения, пока вы не захватите только нужные файлы txt.

Для файлов .html это немного сложнее, потому что saveWidget() в настоящее время не позволяет сохранять с использованием относительных путей к файлам, но есть решение с использованием withr::with_dir(). Это должно работать для части 7:

withr::with_dir(new_directory_name, saveWidget(dtable, file = "dtable.html"))

и это должно работать для части 8:

withr::with_dir(new_directory_name, saveWidget(Network, file = "Network.html"))

7. Конечным результатом RcisTarget является data.table и экспорт в html.

motifEnrichmentTable_wGenes_v1_wLogo <- addLogo(motifEnrichmentTable_wGenes_v1)
  resultsSubset <- motifEnrichmentTable_wGenes_v1_wLogo[1:147,]
  Type_v2 <- "Motifs_Table"
  
  # Extract the file name without the extension, so the directory with the results
  # will correspond to this name:
  new_directory_name <- gsub(x = file_names[i],pattern = "(.*)\\.txt","\\1")
  #Create the new directory:
  dir.create(new_directory_name)
  
  library(DT)
  library(webshot)
  library(htmltools)
  library(xml2)
  ## export the data table to html file format###
  dtable <- datatable(resultsSubset[,-c("enrichedGenes", "TF_lowConf"), with=FALSE], 
                      escape = FALSE, # To show the logo
                      filter = "top", options=list(pageLength=1000))
  html_test <- paste0(new_directory_name,"/","dtable.html")
  ##To save files in the pdf format###
  #saveWidget(dtable, html_test)
  #webshot(html_test, paste0(new_directory_name,"/", "motif.pdf"))

8. Построение сети и экспорт в формат html

# Extract the file name without the extension, so the directory with the results
  # will correspond to this name:
  new_directory_name <- gsub(x = file_names[i],pattern = "(.*)\\.txt","\\1")
  #Create the new directory:
  dir.create(new_directory_name)
  
  signifMotifNames <- motifEnrichmentTable$motif[1:3]
  incidenceMatrix <- getSignificantGenes(Module_10_1_geneLists, 
                                         motifRankings,
                                         signifRankingNames=signifMotifNames,
                                         plotCurve=TRUE, maxRank=5000, 
                                         genesFormat = "incidMatrix",
                                         method = "aprox")$incidMatrix
  
  library(reshape2)
  
  edges <- melt(incidenceMatrix)
  edges <- edges[which(edges[,3]==1),1:2]
  colnames(edges) <- c("from","to")
  
  library(visNetwork)
  motifs <- unique(as.character(edges[,1]))
  genes <- unique(as.character(edges[,2]))
  nodes <- data.frame(id=c(motifs, genes),   
                      label=c(motifs, genes),    
                      title=c(motifs, genes), # tooltip 
                      shape=c(rep("diamond", length(motifs)), rep("elypse", length(genes))),
                      color=c(rep("purple", length(motifs)), rep("skyblue", length(genes))))
  Network <- visNetwork(nodes, edges) %>% visOptions(highlightNearest = TRUE, 
                                                     nodesIdSelection = TRUE)
  ##Export the network##
  #visSave(Network, file  = "Network.html")

  html_test_v1 <- paste0(new_directory_name,"/","Network.html")
  #saveWidget(Network, html_test_v1)
  #webshot(html_test_v1, paste0(new_directory_name,"/", "Network.pdf"))