geom_contour_filled требуют бинарных данных.

Таким образом, ваши данные должны быть

# data
tbl <- tibble(x = rep(seq(0,1,length.out=100),100),
              y = rep(seq(0,1,length.out=100),each=100),
              V = x^2.5 + y^2)

Вот способ решения проблемы бессовестным копированием и вставкой примера franke из документации geom_contour_filled.

Хитрость заключается в использовании пакета interp для подготовки данных для построения графика. В приведенном ниже коде единственное изменение в инструкции по созданию grid — это объединение набора данных.

suppressPackageStartupMessages({
  library(tidyverse)
  library(interp)
})

set.seed(2022)
tbl <- tibble(x = runif(n = 1000, min = 0, max = 1),
              y = runif(n = 1000, min = 0, max = 1),
              V = x^2.5 + y^2)
grid <- with(tbl, interp::interp(x, y, V))
griddf <- subset(data.frame(x = rep(grid$x, nrow(grid$z)),
                            y = rep(grid$y, each = ncol(grid$z)),
                            z = as.numeric(grid$z)),
                 !is.na(z))

# plots
ggplot(data = griddf,
       aes(x = x,
           y = y,
           z = z)) + 
  stat_contour_filled(alpha = 0.8, breaks = seq(0, 2, 0.2)) +
  theme_bw()

^{Created on 2022-05-18 by the reprex package (v2.0.1)}

Редактировать

Чтобы лучше управлять контейнерами, используйте либо аргумент bins, либо аргумент binwidth вместо breaks. Следующий код имеет ширину ячейки 0.1, что удваивает количество ячеек и теперь использует geom_contour_filled, как в вопросе.

ggplot(data = griddf,
       aes(x = x,
           y = y,
           z = z)) + 
  geom_contour_filled(alpha = 0.8, binwidth = 0.1, show.legend = FALSE) +
  theme_bw()

^{Created on 2022-05-18 by the reprex package (v2.0.1)}