MPI_File_write C

Мне нужно использовать MPI для вычисления значения концентрации из 3D-матрицы.

Я делю свою матрицу на кусочки в зависимости от того, какое количество процедур я буду использовать.

Я получаю меньшую трехмерную матрицу, которая работает независимо, но я хочу, чтобы вычисляемые ими значения концентрации записывались в один и тот же файл, например, строки от 0 до n-1 записывались процедурой от 0, от n до 2n-1 с помощью процедуры 1. .

Я знаю, что могу использовать смещение в функции mpi_file_write_at, чтобы выполнить такую ​​вещь, но я не знаю, как это реализовать.

Я знаю, что простым решением было бы попросить proc 0 открыть файл, записать и закрыть его, после чего откроется процесс 1.

Не обращайте внимания на код сам по себе, поскольку он не закончен

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <math.h>
#include <mpi.h>

int main(int argc, char *argv[])
{
    char *name = argv[1];

    double h, m, L, T_max, v_x, v_y, v_z, D, r_thresh;
    unsigned int S;

    FILE *file = fopen(name, "rb");


    if (!file)
    {
        fprintf(stderr, "Not able to open the file %s\n", name);
    }
    else
        printf("Able to open the file %s\n", name);

    fscanf(file, "%lf", &h);
    fscanf(file, "%lf", &m);
    fscanf(file, "%lf", &L);
    fscanf(file, "%lf", &T_max);
    fscanf(file, "%lf", &v_x);
    fscanf(file, "%lf", &v_y);
    fscanf(file, "%lf", &v_z);
    fscanf(file, "%lf", &D);
    fscanf(file, "%u", &S);
    fscanf(file, "%lf", &r_thresh);

    fclose(file);

    if (((L/h) % 2) != 0){
        printf("Uncorrect parameters L and h ! \n");
        return -1;
    }
    else{
        unsigned int edge = (L/h);
        unsigned int middle = edge/2;
        unsigned int N = edge+1;
    }
    if (((T_max/m) % 1) != 0){
        printf("Uncorrect parameters T_max and m ! \n");
        return -1;
    }
    else{
        unsigned int t_end = T_max/m;
    }

    unsigned int myrank, nbproc;
    MPI_Init(&argc, &argv) ;
    MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD , &myrank );
    MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD , &nbproc );

    double w = N/nbproc;
    unsigned int width = round(w);
    unsigned int k_min, k_max;
    k_min = myrank*width;
    k_max = (myrank+1)*width-1;
    width = width+2; 
    if (nbproc==1){
        width = N;
    }
    else if (myrank==(nbproc-1)){
        k_max = N-1; 
        width = k_max-k_min+1; 
        width = width+1; 
    }
    else if (myrank==0){
        width = width-1; 
    }



    double ***C ;
    C = malloc(width * sizeof(*C)); 
    for(k=0 ; k < width ; k++){
        C[k] = malloc(N * sizeof(**C));
    }
    for(k=0 ; k < width ; k++){
        for(j=0 ; j < N ; j++){
            C[k][j] = malloc(N * sizeof(***C));
        }
    }


    unsigned int i,j,k,n;
    for(k=0 ; k<width ; k++){
        for(j=0 ; j<N ; j++){
            for(i=0 ; i<N ; i++){
                C[k][j][i]=0;
            }
        }
    }
    if (middle>=k_min && middle=<k_max){
        C[middle-k_min][middle][middle] = 1;
    }


    if (myrank==0 || nbproc==1){
        k_min = k_min +1 ;
    }
    if (myrank==(nbproc-1) || nbproc==1){
        k_max = k_max -1 ;
    }





    for(n=1 ; n<T_max ; n++){

        char *c = "c_";
        char buffer[10];
        itoa(n,buffer,2);
        strcat(c,buffer);

        // I want to write some value stored in a buffer now
        // computed by different process in the same file 
        // MPI_File_write_at ???


    }

    for(k=0 ; k < width ; k++){
        for(j=0 ; j < N ; j++){
            free(C[k][j]);
            }
        free(C[k]);
    }
    free(C);

    return 0;
}

минимальный воспроизводимый пример приветствуется! просто поставьте комментарий вместо записи в файл.

Gilles Gouaillardet 13.11.2018 22:32

все ли линии имеют одинаковую и фиксированную длину?

Gilles Gouaillardet 14.11.2018 21:45

Обычно да, но в любом случае каждый процесс будет знать, сколько строк он должен написать. @GillesGouaillardet

Vandeghen Renaud 14.11.2018 23:28

важно то, сколько байтов должна знать каждая задача, если вы этого не знаете, это будет сложно.

Gilles Gouaillardet 15.11.2018 00:17

каждая задача будет обрабатывать [sizeof (MPI_DOUBLE) * (L / h) * (L / h) * глубину среза]. Я не знаю, имеет ли это значение для вас, но все наши вычисления будут выполняться в кластере моего университета, поэтому я почти уверен, что у меня будет достаточно памяти.

Vandeghen Renaud 15.11.2018 09:01
Стоит ли изучать PHP в 2026-2027 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2026-2027 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
5
195
1

Ответы 1

Каждый процесс в программе MPI имеет локальное адресное пространство. Файловый ввод-вывод меняет это: файл - это глобально доступный линейный поток байтов. Вам нужно подумать о том, где в глобальном пространстве пишет каждый процесс. Пара способов сделать это:

  • иногда вы можете просто заставить каждый процесс писать в соответствующий фрагмент файла. нулевой ранг записывает в первый мегабайт, ранг 1 - во второй и так далее. Возможно, это будет слишком упрощенно для вашего трехмерного массива.

  • Для более сложной декомпозиции вы устанавливаете «файловое представление»: вы создаете тип данных MPI, описывающий структуру данных на диске. в вашем случае MPI_TYPE_CREATE_SUBARRAY, вероятно, то, что вы хотите: трехмерная глобальная матрица, и каждый процесс вносит свой вклад в глобальную картину.

Другие вопросы по теме