Найти индекс дочернего элемента в lxml

Вы можете использовать container.getchildren() или list(container), чтобы получить всех дочерних элементов, и использовать addnext(), чтобы поместить их (один за другим) после контейнера, а позже вы можете удалить (уже) пустой контейнер. Нужно reversed() расставить детей в правильном порядке.

parent = container.getparent()

#for child in reversed(container.getchildren()):
for child in reversed(container):
    container.addnext(child)

parent.remove(container)    

Полный рабочий пример, который я использовал для тестов (с некоторыми дополнительными комментариями):

• Я использовал два контейнера без отступов — для проверки последующих методов очистки отступов.
• Я добавил child.tail = container.tail, чтобы убрать некоторые углубления.
• Я добавил ET.indent(tree), чтобы очистить все углубления.
• Я добавил reversed(container) вместо reversed(container.getchildren())
• Я также добавил container.iterchildren(reversed=True) вместо reversed(container)

html = '''
<parent>
  <child-a/>
  <container><child-b/><child-c/></container>
  <child-d/>
  <container><child-e/><child-f/></container>
  <child-g/>
</parent>
'''

import lxml.html

tree = lxml.html.fromstring(html)

for container in tree.findall('container'):
    parent = container.getparent()
    #for child in reversed(container.getchildren()):  # getchildren() - deprecated
    #for child in reversed(container):
    for child in container.iterchildren(reversed=True):
        #child.tail = None   # clean indentations  # elements in one line
        #child.tail = "\n"   # clean indentations  # next tag starts in first column
        #child.tail = container.tail   # clean indentations 
        container.addnext(child)
    parent.remove(container)    

# https://lxml.de/apidoc/lxml.etree.html#lxml.etree.indent
import lxml.etree as ET
#ET.indent(tree, space='    ')  # clean all indentations - use 4 spaces
#ET.indent(tree, space='....')  # clean all indentations - use 4 dots - looks like TOC (Table Of Contents) in book :)
ET.indent(tree)   # clean all indentations - use (default) 2 spaces

#html = lxml.html.tostring(tree, pretty_print=True).decode() 
#html = lxml.html.tostring(tree).decode() 
html = lxml.html.tostring(tree, encoding='unicode')  # not `utf-8` but `unicode` ???

print(html)

Результат без child.tail = container.tail и без ET.indent(tree):

<parent>
  <child-a></child-a>
  <child-b></child-b><child-c></child-c><child-d></child-d>
  <child-e></child-e><child-f></child-f><child-g></child-g>
</parent>

Результат с child.tail = container.tail или с ET.indent(tree):

<parent>
  <child-a></child-a>
  <child-b></child-b>
  <child-c></child-c>
  <child-d></child-d>
  <child-e></child-e>
  <child-f></child-f>
  <child-g></child-g>
</parent>

Док: addnext(), addprevious(), lxml.etree.indent(), getparen(), getchildren(), iterchildren(перевернутое значение=Истина)

В дополнение к ответу @Furas, вот шаги, которые также работают со встроенным xml.etree.ElementTree - нет необходимости в lxml или html. Имейте в виду, что getchildren() из lxml устарел начиная с Python 3.9. Для глубоко вложенного дерева необходимо определение функции.

from lxml import etree

xml_ = """\
<parent>
  <child-a/>
  <container>
     <child-b/>
     <child-c/>
  </container>
  <child-d/>
  <child-e/>
</parent>"""

root = etree.fromstring(xml_)

# collect elements in container
container = root.findall(".//container/*")
# print([x.tag for x in container])

# position of container tag to insert
le = root.findall("./")
i = [le.index(i) for i in le if i.tag == "container"]
# print(i)

# Remove child from parent if the position is unknown
# root.find('.//container/..').remove(root.find('.//container'))
root.remove(root.find('.//container'))

# insert elements from container
for n in range(len(container)):
    root.insert(int(*i)+n, container[n])
            
etree.indent(root, space = '  ')
etree.dump(root)

Выход:

<parent>
  <child-a/>
  <child-b/>
  <child-c/>
  <child-d/>
  <child-e/>
</parent>

Кстати, если вам нужен только контент, а не само дерево, есть гораздо более простое решение: pandas выровнять структуру. https://stackoverflow.com/a/78628067/12621346

В качестве более короткого РЕШЕНИЯ с XPath(), pop() и extend():

root = etree.fromstring(xml_)

childs = root.findall(".//*")
[childs.pop(childs.index(x)) for x in childs if x.tag == "container"]

parent = etree.Element("parent")
parent.extend(childs)
    
etree.indent(parent, space='  ')
etree.dump(parent)