Настройка вывода Groovy Transpose

В настоящее время я создаю конвейер обработки для кДНК, и процесс в моем конвейере выводит 7 разных файлов fastq в массиве с 7 элементами идентификатора, которые являются метаданными, мне нужно, чтобы он был отформатирован таким образом, чтобы идентификатор был связан с fastq файл с тем же идентификатором, и в настоящее время я получаю идентификаторы в паре с файлами fastq в том порядке, в котором они были созданы на предыдущем шаге.

Рассматриваемый канал до использования функции транспонирования выглядит так:

[
 [
  [id:L5ad_T1, single_end:true], 
  [id:L5Cd_T1, single_end:true], 
  [id:L5Ac_T1, single_end:true], 
  [id:L5Cc_T1, single_end:true], 
  [id:L5Ab_T1, single_end:true], 
  [id:L5Aa_T1, single_end:true], 
  [id:L5Ca_T1, single_end:true]
 ], 
 [/flexbar_trimmed_NNNACTCAGC_L5Cc.fastq, 
  /flexbar_trimmed_NNNATTAGC_L5Ab.fastq, 
  /flexbar_trimmed_NNNCGCTTAGC_L5ad.fastq, 
  /flexbar_trimmed_NNNCTAGC_L5Ca.fastq, 
  /flexbar_trimmed_NNNGACTTAGC_L5Cd.fastq, 
  /flexbar_trimmed_NNNGCGCAGC_L5Ac.fastq, 
  /flexbar_trimmed_NNNTAAGC_L5Aa.fastq
]
]

Перед использованием функции транспонирования данных в канале:


[[id:L5ad_T1, single_end:true], /flexbar_trimmed_NNNACTCAGC_L5Cc.fastq][[id:L5Cd_T1, single_end:true], /flexbar_trimmed_NNNATTAGC_L5Ab.fastq][[id:L5Ac_T1, single_end:true], /flexbar_trimmed_NNNCGCTTAGC_L5ad.fastq][[id:L5Cc_T1, single_end:true], /flexbar_trimmed_NNNCTAGC_L5Ca.fastq]
[[id:L5Ab_T1, single_end:true], /flexbar_trimmed_NNNGACTTAGC_L5Cd.fastq]
[[id:L5Aa_T1, single_end:true], /flexbar_trimmed_NNNGCGCAGC_L5Ac.fastq]
[[id:L5Ca_T1, single_end:true], /flexbar_trimmed_NNNTAAGC_L5Aa.fastq]

Хотя это правильный формат, метаданные идентификатора теперь связаны с неправильным файлом fastq, идеальным результатом будет, например, первая пара:

[[id:L5ad_T1, single_end:true], /flexbar_trimmed_NNNCGCTTAGC_L5ad.fastq]

Есть ли способ связать правильный идентификатор с правильным файлом?

Transpose предполагает, что у вас есть оба списка в одном и том же порядке, что не похоже на это... Так что в какой-то момент вам придется сортировать тот или иной из ваших списков.

— 17.04.2023 22:52

groovy bioinformatics nextflow

17.04.2023 21:11

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?

Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...

Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией

В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.

Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox

Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...

Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest

В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...

Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️

Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...

Пользовательский скаляр GraphQL

Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...

Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Один из способов — создать карту метаданных и карту файлов FASTQ, где каждая карта имеет одинаковые ключи. Затем мы можем просто просмотреть одну из карт и найти значение ключа в другой. Оператор flatMap можно использовать для выравнивания вывода, чтобы каждый элемент испускался отдельно. Например:

ch = Channel.of(
    [
        [
            [id:'L5ad_T1', single_end:true], 
            [id:'L5Cd_T1', single_end:true], 
            [id:'L5Ac_T1', single_end:true], 
            [id:'L5Cc_T1', single_end:true], 
            [id:'L5Ab_T1', single_end:true], 
            [id:'L5Aa_T1', single_end:true], 
            [id:'L5Ca_T1', single_end:true]
        ],
        [
            file('/dir/flexbar_trimmed_NNNACTCAGC_L5Cc.fastq'),
            file('/dir/flexbar_trimmed_NNNATTAGC_L5Ab.fastq'),
            file('/dir/flexbar_trimmed_NNNCGCTTAGC_L5ad.fastq'),
            file('/dir/flexbar_trimmed_NNNCTAGC_L5Ca.fastq'),
            file('/dir/flexbar_trimmed_NNNGACTTAGC_L5Cd.fastq'),
            file('/dir/flexbar_trimmed_NNNGCGCAGC_L5Ac.fastq'),
            file('/dir/flexbar_trimmed_NNNTAAGC_L5Aa.fastq')
        ]
    ]
)

workflow {

    ch.flatMap { meta_list, fastq_list -> 
        def meta_map = meta_list.collectEntries { meta ->
            [ meta.id.split('_').first(), meta ]
        }
        def fastq_map = fastq_list.collectEntries { fastq ->
            [ fastq.simpleName.split('_').last(), fastq ]
        }

        meta_map.collect { k, v -> [v, fastq_map[k]] }
    }
    .view()
}

Полученные результаты:

$ nextflow run main.nf 
N E X T F L O W  ~  version 23.04.1
Launching `main.nf` [happy_waddington] DSL2 - revision: 345d777205
[[id:L5ad_T1, single_end:true], /dir/flexbar_trimmed_NNNCGCTTAGC_L5ad.fastq]
[[id:L5Cd_T1, single_end:true], /dir/flexbar_trimmed_NNNGACTTAGC_L5Cd.fastq]
[[id:L5Ac_T1, single_end:true], /dir/flexbar_trimmed_NNNGCGCAGC_L5Ac.fastq]
[[id:L5Cc_T1, single_end:true], /dir/flexbar_trimmed_NNNACTCAGC_L5Cc.fastq]
[[id:L5Ab_T1, single_end:true], /dir/flexbar_trimmed_NNNATTAGC_L5Ab.fastq]
[[id:L5Aa_T1, single_end:true], /dir/flexbar_trimmed_NNNTAAGC_L5Aa.fastq]
[[id:L5Ca_T1, single_end:true], /dir/flexbar_trimmed_NNNCTAGC_L5Ca.fastq]

Большое спасибо за подробное объяснение и помощь, с небольшой адаптацией, которая сделала то, что мне было нужно в моем конвейере.

— 18.04.2023 16:31

18.04.2023 04:27