Ошибка пакета iGraph R?

Проблема в том, что вы неправильно указали аргумент index при использовании set_edge_attr:

Это даст правильный результат:

g<-make_empty_graph(directed = F)

g<-add.vertices(g,c(10))

g<-add_edges(g,c(3,5))
g<-set_edge_attr(graph = g,name = "weight",index = E(g),value = 0.3)

E(g)$weight
plot(g)

Как видно из ?set_edge_attr:

index: An optional edge sequence to set the attributes of a subset of edges

Итак, теперь предположим, что у вас есть другое ребро и вы хотите установить для него значение 10:

g<-make_empty_graph(directed = F)

g<-add.vertices(g,c(10))

g<-add_edges(g,c(3,5))
g<-add_edges(g,c(4,5))
g<-set_edge_attr(graph = g,name = "weight",index = E(g)[1],value = 0.3)
g<-set_edge_attr(graph = g,name = "weight",index = E(g)[2],value = 10)

E(g)$weight
plot(g)

Вы используете E(g)[1] для первого и E(g)[2], потому что E(g) возвращает вам массив всех ваших ребер в том порядке, в котором вы их указали (1 будет c (3,5) и 2 будет c (4,5))

Лучший!