Передайте несколько аргументов с именем переменной из PHP в PYTHON

shell_exec() - это вызов bash (или другого интерпретатора), поэтому вам нужно структурировать свою команду, как если бы вы запускали ее в командной строке:

$output = shell_exec('python3 ActorArrayMatcher_FS2.py var1=val1 var2=val2 varN=valN');

Что нужно иметь в виду:

• python3 должен быть исполняемым пользователем, запускающим ваш PHP-скрипт.
• Убедитесь, что вы экранировали любые аргументы переменной оболочки через escapeshellarg(), прежде чем передавать их в shell_exec().
• Путь к ActorArrayMatcher_FS2.py будет более безопасным как абсолютный путь, и вам необходимо убедиться, что у пользователя, запускающего ваш PHP-скрипт, есть разрешения для него.

Вам нужно будет перебрать sys.argv, это список:

#!/usr/bin/env python
import sys


def main():
    for a in sys.argv:
        print(a)


if __name__ == '__main__':
    main()

Для более детального анализа аргументов я предлагаю вам взглянуть на библиотеки анализа аргументов для Python; в произвольном порядке:

• argparse
• щелкнуть

Соответствующий вопрос SO: Как лучше всего анализировать аргументы командной строки?