Проверить документы здесь.

In a JPA-based app, you can choose to let Hibernate create the schema or use schema.sql, but you cannot do both. Make sure to disable spring.jpa.hibernate.ddl-auto if you use schema.sql.

У вас spring.jpa.hibernate.ddl-auto=create-drop, поэтому schema.sql не запускается. Похоже, именно так работает Spring Boot.

Редактировать

Я думаю, что проблема (на самом деле не проблема) в том, что ваше приложение указывает на экземпляр mysql.

См. текущие свойства Spring Boot:

spring.datasource.initialization-mode=embedded # Initialize the datasource with available DDL and DML scripts.

Значение по умолчанию - embedded - например, инициализировать, только если вы работаете со встроенной базой данных, например H2.

Также см. Ответ Стефана здесь. Он сказал:

Adding spring.datasource.initialization-mode=always to your project is enough.

Итак, попробуйте установить:

spring.datasource.initialization-mode=always

Не встроено (например, MySQL)

Если вы загружаете базу данных не встроен, в Spring Boot 2 вам необходимо добавить:

spring.datasource.initialization-mode=always

Проверьте Руководство по миграции:

Database Initialization

Basic DataSource initialization is now only enabled for embedded data sources and will switch off as soon as you’re using a production database. The new spring.datasource.initialization-mode (replacing spring.datasource.initialize) offers more control.

Встроенный (например, h2)

Однажды у меня была аналогичная проблема, хотя это был h2 (так что было - встроенная БД), моя конфигурация h2 была активирована профилем my-test.

Мой тестовый класс был таким:

@RunWith(SpringRunner.class)
@SpringBootTest                     // does not work alone
@ActiveProfiles("my-test")
public class MyEntityRepositoryTest {

Проблема только в @SpringBootTestне инициализировал тестовую базу данных. Пришлось использовать либо @DataJpaTest, либо @SpringBootTest + @AutoConfigureTestDatabase. Примеры

@RunWith(SpringRunner.class)
@DataJpaTest                       // works
@ActiveProfiles("sep-test")
public class MyEntityRepositoryTest {

или же

@RunWith(SpringRunner.class)
@SpringBootTest                     // these two
@AutoConfigureTestDatabase          // together work
@ActiveProfiles("sep-test")
public class MyEntityRepositoryTest {

У меня работает нормально, можете попробовать. Вместо HikariCP установите желаемый тип источника данных.

spring.datasource.initialization-mode=always
spring.datasource.type=com.mysql.jdbc.jdbc2.optional.MysqlDataSource
spring.jpa.hibernate.ddl-auto=none

Другая проблема может привести к тому, что data.sql не может быть выполнен, если вы не сконфигурируете spring.jpa.hibernate.ddl-auto=none, data.sql не будет выполняться d.

Я смог запустить приложение только после такого исключения Hikary CP:

<dependency>
    <groupId>org.springframework.boot</groupId>
    <artifactId>spring-boot-starter-data-jpa</artifactId>
    <exclusions>
        <exclusion>
            <groupId>com.zaxxer</groupId>
            <artifactId>HikariCP</artifactId>
        </exclusion>
    </exclusions>
</dependency>

См. Вопрос здесь