Присоединяйтесь к отфильтрованным значениям карты

Вы можете попробовать следующее.

List<String> queriesToJoin = queries.entrySet().stream().filter(e -> queriesMapKeys.contains(e.getKey())).collect(Collectors.toList());

String sqlQuery = String.join(" UNION ", queriesToJoin);

Вам не обязательно использовать потоки. Вы можете просто использовать класс StringJoiner:

import java.util.StringJoiner;

<...>
StringJoiner builder = new StringJoiner(" UNION ");
for (String element : elementFilter) {
  for (String type : typeFilter) {
    String key = element + "_" + type + "_QUERY";
    if (queries.containsKey(key)) {
      builder.add(queries.get(key));
    }
  }
}

String sqlQuery = builder.toString();

Интересный факт: класс StringJoiner используется внутренне, когда вы выполняете String::join или собираете данные с Stream с помощью Collectors.joining.

Кажется, вы просто хотите получить значения для набора ключей из вашей карты. Это будет что-то вроде:

 List<String> queriesToJoin = queries
     .entrySet()
     .stream()
     .filter(e -> queriesMapKeys.contains(e.getKey()))
     .map(Map.Entry::getValue)
     .collect(Collectors.toList());

Вы также просите лучше реализовать это.

Вы используете форматированную строку для моделирования определенных свойств ваших запросов и фильтров. Вместо этого вы можете попробовать использовать для этого классы или предикаты.

Например, вместо использования строк в качестве ключей / имен запросов рассмотрите возможность использования перечислений.

 public enum QueryId {
     USER_WITHOUT_ROLE_QUERY(USER, WITHOUT_ROLE),
     PROFIL_WITHOUT_ROLE_QUERY(PROFIL, WITHOUT_ROLE);
     QueryId(TargetElement element, QueryType type) {...}
     public TargetElement getElement() {...}
     public QueryType getQueryType() {...}
 }

Затем вы можете фильтровать с помощью предикатов, которые используют QueryId.getElement() или QueryId.getQueryType().

Попробуйте это, если вы хотите объединить первый вложенный цикл с кодом, в котором вы фильтруете карту.

String[] queriesToJoin =  Arrays.asList(elementFilter)
        .stream()
        .flatMap(f -> Arrays.asList(typeFilter)
                .stream()
                .map(s -> f + "_" + s + "_QUERY"))
        .filter(t -> queries.containsKey(t))
        .map(t -> queries.get(t))
        .collect(Collectors.toList()).toArray(new String [0]);

В вашем коде

// Filter queries map
List<String> queriesMapKeys = new ArrayList<>();
for (String element : elementFilter) {
    for (String type : typeFilter) {
        queriesMapKeys.add(queries.get(element + "_" + type + "_QUERY"));
    }
}

вы уже запрашиваете карту и добавляете результат get в список queriesMapKeys. Если ключа нет на карте, ссылки null появятся в списке. Ключи отсутствуют в этом списке. Таким образом, выполняя другую операцию потока, пытаясь сопоставить список с ключами карты, такими как

String[] queriesToJoin = queries.entrySet().stream()
    .filter(e -> queriesMapKeys.contains(e.getKey())) …

вообще не может работать.

Но в любом случае в этом не было бы необходимости. Вам нужно только обработать потенциальные значения null. Либо:

queriesMapKeys.removeIf(Objects::isNull);
String sqlQuery = String.join(" UNION ", queriesMapKeys);

или же

String sqlQuery = queriesMapKeys.stream()
    .filter(Objects::nonNull)
    .collect(Collectors.joining(" UNION "));

Последний может быть объединен с предыдущей потоковой операцией, заменяя вложенные циклы, создавая queriesMapKeys:

String sqlQuery = Arrays.stream(elementFilter)
    .flatMap(element -> Arrays.stream(typeFilter)
        .map(type -> queries.get(element + "_" + type + "_QUERY")))                
    .filter(Objects::nonNull)
    .collect(Collectors.joining(" UNION "));