Rсвязать несколько файлов с одинаковыми именами в разных папках в R

У меня есть папка с текстовым файлом с именем PredictedRecognitionPotentials

Я хочу связать эти файлы из разных папок в один файл unfied txt

Как я могу сделать это в R, потому что у меня нет доступа к оболочке?

> file <- "PredictedRecognitionPotentials.txt"

> mydirs <- c("/Users/Angel/Desktop/r/LP6005334","/Users/Angel/Desktop/r/LP6005500","/Users/Angel/Desktop/r/LP6007600","/Users/Angel/Desktop/r/LP6008202",
+   "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008334-DNA_A03","/Users/Angel/Desktop/r/LP6008334-DNA_A04","/Users/Angel/Desktop/r/LP6008334-DNA_B02","/Users/Angel/Desktop/r/LP6008334-DNA_C02",
+   "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008334-DNA_D02","/Users/Angel/Desktop/r/LP6008336-DNA_F02","/Users/Angel/Desktop/r/LP6008336-DNA_G01","/Users/Angel/Desktop/r/LP6008336-DNA_H01",
+   "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008337-DNA_A07","/Users/Angel/Desktop/r/LP6008337-DNA_H06","/Users/Angel/Desktop/r/LP6008460-DNA_A04","/Users/Angel/Desktop/r/LP6008460-DNA_D01",
+   "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008460-DNA_F02","/Users/Angel/Desktop/r/LP6008460-DNA_G03","/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0015","/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0018",
+   "/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0024","/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0030","/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0059","/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0067",
+   "/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0080","/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0086","/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0094")
> res <- do.call(rbind, lapply(paste0(mydirs, file), read.table))
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
  cannot open file '/Users/Angel/Desktop/r/LP6005334PredictedRecognitionPotentials.txt': No such file or directory


> res <- do.call(rbind, lapply(paste0(mydirs, "/"), read.table))
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
  cannot open file '/Users/Angel/Desktop/r/LP6005334//': Permission denied

> res <- rbindlist(lapply(files, fread), fill = TRUE)
Error in FUN(X[[i]], ...) : 
  File '/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0067//PredictedRecognitionPotentials.txt' does not exist or is non-readable. getwd()=='C:/Users/Angel/Desktop/r'
> 

> res <- map_dfr(files, read_table)

-- Column specification --------------------------------------------------------------
cols(
  `NeoantigenID Mutation    Sample  MutatedPeptide  ResidueChangeClass  MutantPeptide   WildtypePeptide HLA Expression  A   R   Excluded    NeoantigenRecognitionPotential` = col_character()
)


-- Column specification --------------------------------------------------------------
cols(
  `NeoantigenID Mutation    Sample  MutatedPeptide  ResidueChangeClass  MutantPeptide   WildtypePeptide HLA A   R   Excluded    NeoantigenRecognitionPotential` = col_character()
)


Error: '/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0067//PredictedRecognitionPotentials.txt' does not exist.







> mydirs
 [1] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6005334/PredictedRecognitionPotentials"        
 [2] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6005500/PredictedRecognitionPotentials"        
 [3] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6007600/PredictedRecognitionPotentials"        
 [4] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008202/PredictedRecognitionPotentials"        
 [5] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008334-DNA_A03/PredictedRecognitionPotentials"
 [6] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008334-DNA_A04/PredictedRecognitionPotentials"
 [7] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008334-DNA_B02/PredictedRecognitionPotentials"
 [8] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008334-DNA_C02/PredictedRecognitionPotentials"
 [9] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008334-DNA_D02/PredictedRecognitionPotentials"
[10] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008336-DNA_F02/PredictedRecognitionPotentials"
[11] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008336-DNA_G01/PredictedRecognitionPotentials"
[12] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008336-DNA_H01/PredictedRecognitionPotentials"
[13] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008337-DNA_A07/PredictedRecognitionPotentials"
[14] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008337-DNA_H06/PredictedRecognitionPotentials"
[15] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008460-DNA_A04/PredictedRecognitionPotentials"
[16] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008460-DNA_D01/PredictedRecognitionPotentials"
[17] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008460-DNA_F02/PredictedRecognitionPotentials"
[18] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008460-DNA_G03/PredictedRecognitionPotentials"
[19] "/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0015/PredictedRecognitionPotentials"
[20] "/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0018/PredictedRecognitionPotentials"
[21] "/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0024/PredictedRecognitionPotentials"
[22] "/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0030/PredictedRecognitionPotentials"
[23] "/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0059/PredictedRecognitionPotentials"
[24] "/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0067/PredictedRecognitionPotentials"
[25] "/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0080/PredictedRecognitionPotentials"
[26] "/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0086/PredictedRecognitionPotentials"
[27] "/Users/Angel/Desktop/r/SLX-18929_UDP0094/PredictedRecognitionPotentials"
> res <- do.call(rbind, lapply(paste0(mydirs, file), read.table))
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
  cannot open file '/Users/Angel/Desktop/r/LP6005334/PredictedRecognitionPotentialsPredictedRecognitionPotentials.txt': No such file or directory
> res <- do.call(rbind, lapply(paste0(mydirs, "/"), read.table))
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
  cannot open file '/Users/Angel/Desktop/r/LP6005334/PredictedRecognitionPotentials/': No such file or directory
> 
>

Ошибка показывает косую черту // между файлом и последней подпапкой. Так должно быть /

— akrun 14.12.2020 23:58

Если я сделаю mydirs <- c("/Users/Angel/Desktop/r/LP6005334","/Users/Angel/Desktop/r‌​/LP6005500","/Users/‌​Angel/Desktop/r/LP60‌​07600","/Users/Angel‌​/Desktop/r/LP6008202‌​"); file <- "PredictedRecognitionPotentials.txt"; file.path(mydirs, file) [1] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6005334/PredictedRecognitionPotent‌​ials.txt" "/Users/Angel/Desktop/r/LP6005500/PredictedRecognitionPotent‌​ials.txt" [3] "/Users/Angel/Desktop/r/LP6007600/PredictedRecognitionPotent‌​ials.txt" "/Users/Angel/Desktop/r/LP6008202/PredictedRecognitionPotent‌​ials

— akrun 14.12.2020 23:58

Я тестировал как на Mac, так и на Windows, и он работает на обоих

— akrun 15.12.2020 00:00

Проблема, показанная в последнем обновлении, заключается в том, что у вас нет "/Users/Angel/Desktop/r/LP6005334/PredictedRecognitionPotent‌​ials" в конце. Я использовал .csv из вашего первоначального поста mydirs

— akrun 15.12.2020 00:07

Было бы полезно, если бы вы могли удалить эти дополнительные > и + из кода, чтобы нам было проще скопировать ваш код прямо в R. Теперь нам нужно вручную удалить их из каждой строки.

— Ronak Shah 15.12.2020 03:14
r
14.12.2020 22:57
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
1
5
207
2
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 2

Используя read.table, затем rbind. Что-то вроде

file <- "file_xy.txt"
mydirs <- c("X:/dir1/", "X:/dir2/")
res <- do.call(rbind, lapply(paste0(mydirs, file), read.table))
outdir <- "X:/outdir/"
write.table(res, file=paste0(outdir, "all.txt"))

Я добавил ваш любезный ответ в основной пост, в котором я получил ошибку

— Mussa 14.12.2020 23:27

@Mussa Я считаю, что в конце каталогов отсутствует косая черта, поэтому строки вставляются без косой черты между ними. Попробуйте еще раз с mydirs <- paste0(mydirs , "/").

— jay.sf 14.12.2020 23:36
14.12.2020 23:08
Ответ принят как подходящий

Мы можем использовать list.files с path в пути к родительскому каталогу, а затем указать recursive = TRUE, чтобы проверить все подкаталоги на наличие файла, упомянутого в pattern

files <- list.files(path = "/Users/Angel/Desktop/r/",
  pattern = "PredictedRecognitionPotentials\\.txt$" 
                 recursive = TRUE, full.names = TRUE)

Или используйте file.path, чтобы построить путь к файлу из уже созданного вектора папки и файла

files <- file.path(mydirs, file)

Затем мы можем использовать tidyverse или base R при чтении данных.

library(purrr)
library(readr)
res <- map_dfr(files, read_table)

Или мы можем использовать fread из data.table для более быстрого чтения.

library(data.table)
res <- rbindlist(lapply(files, fread), fill = TRUE)

Извините, я добавил свои новые ошибки в свои основные файлы

— Mussa 14.12.2020 23:54

@Mussa Я думаю, вы перезаписали mydirs некоторыми вставленными значениями. Если вы используете первую версию mydirs с file, это сработает.

— akrun 15.12.2020 00:13
14.12.2020 23:32

Другие вопросы по теме

Эффективная сводная статистика вложенного огромного списка в R
Как вставить все значения (строки) в один столбец данных со всеми остальными заголовками при условии комбинации значения и заголовка
Подсчитайте количество пропущенных значений в R
Почему эти состояния не отображают данные, когда данные существуют в пакете usmap?
Функция мутации: сортировка строки символов и удаление повторяющихся символов
Переупорядочить строки по группам на основе другого значения индекса в r
Добавить имена файлов в столбцы в списке фреймов данных
JAGS: переменное количество кластеров
Скопированный ggplot-объект частично связан с оригиналом
Поиск ближайших координат XY в большом фрейме данных для опорных координат в другом фрейме данных в R

Похожие вопросы

Объединить несколько df в списке в разные столбцы одного df
Мне нужно сделать тепловую карту по графику, которая показывает больше информации
R: упорядочить столбцы в диаграмме в обратном алфавитном порядке
Широкий формат, приводящий к удвоению данных гистограммы в ggplot
Использование функции filter() с оператором конвейера для поиска среднего и округления
Эмулировать язык R "?" команда в оболочке (bash/zsh)?
Как указать параметры kableExtra с форматом kbl = «markdown»?
Dplyr не работает при вызове group_by для столбца состояний
Quosures, unquoting, mutate и ifelse
Lapply с несколькими списками и функциями для регрессионных моделей