Сохранить вложенную структуру в gob

Вы должны экспортировать поля структуры, которые хотите кодировать:

type Network struct {
     Wih Matrix
     Who Matrix
}

Цитата из пакетной документации encoding/gob:

Structs, arrays and slices are also supported. Structs encode and decode only exported fields.

После экспорта полей все заработает. См. Этот пример:

n := Network{
    Wih: Matrix{{1.1, 2.2}, {3.3, 4.4}},
    Who: Matrix{{5.5, 6.6}, {7.7, 8.8}},
}
fmt.Println(n)

buf := &bytes.Buffer{}
if err := gob.NewEncoder(buf).Encode(n); err != nil {
    panic(err)
}

var n2 Network
if err := gob.NewDecoder(buf).Decode(&n2); err != nil {
    panic(n2)
}
fmt.Println(n2)

Вывод (попробуйте на Перейти на игровую площадку):

{[[1.1 2.2] [3.3 4.4]] [[5.5 6.6] [7.7 8.8]]}
{[[1.1 2.2] [3.3 4.4]] [[5.5 6.6] [7.7 8.8]]}