Удалить строку в 2d-векторе

Вы также увеличиваете i на каждой итерации при удалении элемента, чего не должно происходить (поскольку это приводит к пропуску некоторых векторов, содержащих 128. Точнее, это пропустит 2-е, 4-е, 6-е последовательное появление - как это происходит). Используйте это вместо этого:

void DeleteNoteOff(std::vector<std::vector<int> > &eventStore) {
  for(int i = 0; i<eventStore.size(); ) {
    if (eventStore[i][1] == 128) {
      eventStore.erase(eventStore.begin()+i);
    }
    else {
      i++;
    }
  }
}

Я удалил приращение i++, чтобы оно выполнялось только тогда, когда ни один элемент не стерт.

I wanna delete all the rows with "128" as the second element.

Для этого не нужно писать цикл.

Удаление всех элементов из вектора, удовлетворяющих определенным критериям, может быть выполнено с помощью алгоритма std::remove_if / std::remove вместе с vector::erase:

#include <iostream>
#include <vector>
#include <algorithm>

void DeleteNoteOff(std::vector<std::vector<int> > &eventStore)
{
   eventStore.erase(std::remove_if (eventStore.begin(), eventStore.end(), 
                    [](const std::vector<int>& v) {return v.size() > 1 && v[1] == 128;}), 
                    eventStore.end());
}

int main()
{
   std::vector<std::vector<int>> test = {{245,144,64,62,64,1132},
                                        {261,144,41,73,64,1197},
                                        {272,144,69,116,64,1108},
                                        {293,144,72,102,64,1060},
                                        {1353,128,72,64},
                                        {1377,128,64,64},
                                        {1380,128,69,64},
                                        {1458,128,41,64},
                                        {1519,144,40,83,64,1321},
                                        {1519,144,62,83,64,1176},
                                        {1547,144,68,93,64,1167},
                                        {1564,144,72,116,64,1135},
                                        {2695,128,62,64},
                                        {2699,128,72,64},
                                        {2714,128,68,64},
                                        {2819,144,60,79,64,1294},
                                        {2840,128,40,64},
                                        {2857,144,45,89,64,1322},
                                        {2874,144,67,97,64,1204},
                                        {2905,144,71,112,64,1173},
                                        {4078,128,67,64},
                                        {4078,128,71,64},
                                        {4113,128,60,64},
                                        {4179,128,45,64}};
    DeleteNoteOff(test);
    for (auto& v : test)
    {
       std::cout << "{";
       for (auto& v2 : v)
          std::cout << v2 << " ";
       std::cout << "}\n";
    }
}

Выход:

{245 144 64 62 64 1132 }
{261 144 41 73 64 1197 }
{272 144 69 116 64 1108 }
{293 144 72 102 64 1060 }
{1519 144 40 83 64 1321 }
{1519 144 62 83 64 1176 }
{1547 144 68 93 64 1167 }
{1564 144 72 116 64 1135 }
{2819 144 60 79 64 1294 }
{2857 144 45 89 64 1322 }
{2874 144 67 97 64 1204 }
{2905 144 71 112 64 1173 }

Живой пример

Краткое объяснение:

std::remove_if перемещает все элементы, которые необходимо удалить, в конец вектора eventStore. Возвращаемое значение std::remove_if — это итератор начала удаленных элементов.

Критерий remove_if задается лямбда-функцией, которая принимает отдельный внутренний вектор и проверяет, равно ли второе значение в векторе 128 (обратите внимание на проверку, чтобы убедиться, что вектор имеет как минимум 2 элемента). Если возвращаемое значение лямбда-функции равно true, то этот вектор будет «удален» (т. е. перемещен в конец eventStore).

Затем, наконец, eventStore.erase берет это возвращаемое значение из remove_if и стирает все элементы, начиная с того места, где начинаются перемещенные (удаленные) элементы, до конца вектора.