Установка choroplethr в Ubuntu

Пытаюсь установить «хороплетр».

Я прочитал следующие похожие ошибки:

Их рекомендация - установить то, что я уже установил. У меня libudunits2 установлен в стандартном месте:

$ sudo apt-get install libudunits2-dev
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
libudunits2-dev is already the newest version (2.2.26-1).

Я вижу заголовки:

$ ll /usr/include/ | grep unit
-rw-r--r--   1 root root  39998 Jan  5  2018 udunits2.h
-rw-r--r--   1 root root   5195 Jan  5  2018 udunits.h

Однако при установке я получаю эту ошибку:

$ R
R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"

> install.package("choroplethr", dep=T)
...
configure: error: in `/tmp/RtmpWC06JV/R.INSTALL7cbb4928db67/units':
configure: error: 
--------------------------------------------------------------------------------
  Configuration failed because libudunits2.so was not found. Try installing:
    * deb: libudunits2-dev (Debian, Ubuntu, ...)
    * rpm: udunits2-devel (Fedora, EPEL, ...)
    * brew: udunits (OSX)
  If udunits2 is already installed in a non-standard location, use:
    --configure-args='--with-udunits2-lib=/usr/local/lib'
  if the library was not found, and/or:
    --configure-args='--with-udunits2-include=/usr/include/udunits2'
  if the header was not found, replacing paths with appropriate values.
  You can alternatively set UDUNITS2_INCLUDE and UDUNITS2_LIBS manually.
--------------------------------------------------------------------------------

Я выполнил эти настройки, но

install.packages("udunits2", configure.args = '--with-udunits2-include=/usr/include/udunits2')

-----Error: libudunits2.a not found-----
     If the udunits2 library is installed in a non-standard location,
     use --configure-args='--with-udunits2-lib=/usr/local/lib' for example,
     or --configure-args='--with-udunits2-include=/usr/include/udunits2'
     replacing paths with appropriate values for your installation.
     You can alternatively use the UDUNITS2_INCLUDE and UDUNITS2_LIB
     environment variables.
     If udunits2 is not installed, please install it.
     It is required for this package.

Что мне не хватает? Это только пакет OSX?

Какую версию Ubuntu вы используете?

— 23.11.2018 06:59

Ubuntu версии 18.04

— 23.11.2018 07:21

r ggplot2 tidyverse rgdal choroplethr

23.11.2018 06:28

Стоит ли изучать PHP в 2026-2027 годах?

Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...

Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией

В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.

Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox

Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...

Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest

В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...

Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️

Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...

Пользовательский скаляр GraphQL

Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...

339

Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Для Ubuntu с R 3.5 вы можете использовать c2d4u3.5 PPA, предоставленный теми же людьми, которые предоставляют вам пакеты R Ubuntu на CRAN, c.f. https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html и http://dirk.eddelbuettel.com/blog/2017/12/22/:

sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u3.5
sudo apt-get update

После этого вы можете установить бинарные пакеты для большинства пакетов CRAN:

sudo apt-get install r-cran-choroplethr

Это должно работать для всех пакетов, упомянутых в представлениях задач CRAN.

Помимо этого, я попытался воспроизвести ваши проблемы с установкой с помощью докера:

FROM ubuntu:18.04
ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractive

RUN apt-get update \
 && apt-get install --yes --no-install-recommends gnupg ca-certificates \
 && apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 \
 && echo "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/" >> /etc/apt/sources.list \
 && apt-get update \
 && apt-get install  --yes --no-install-recommends r-base-dev libudunits2-dev \
 && Rscript -e 'install.packages(c("units", "udunits2"))'

Однако образ был собран без проблем.

Спасибо, Ральф. Есть ли решение для установки, использующее стандартный интерфейс установки R? Я не решаюсь разрешить дополнительное репо. Что здесь происходит, для чего требуется сторонний PPA?

— 23.11.2018 16:35

@Mittenchops Нормальная установка должна работать (см. Файл докера в моем обновленном ответе). Просто этим PPA пользоваться удобнее, что, на мой взгляд, заслуживает доверия.

— 23.11.2018 17:27

23.11.2018 08:17