Эффективное вычисление разреженного массива и произведения Кронекера

Я хочу вычислить произведение Кронекера длинного списка небольших матриц (скажем, матриц Паули). Я пытался определить маленькие матрицы, используя scipy.sparse.csr_array, и использовать scipy.sparse.kron для выполнения произведения Кронекера. Однако производительность не идеальна.


import numpy as np
from scipy import sparse
import functools
import time


sigma_x = sparse.csr_array(np.array([[0, 1], [1, 0]]))
sigma_y = sparse.csr_array(np.array([[0, -1j], [1j, 0]]))
sigma_z = sparse.csr_array(np.array([[1., 0], [0, -1.]]))

sigma = [sigma_x, sigma_y, sigma_z]
arguments = [sigma[i % 3] for i in range(3 * 5)]


start_time = time.time()

result = functools.reduce(sparse.kron, arguments)

end_time = time.time()
execution_time = end_time - start_time
print(execution_time)

=== Обновление 2 ===

Нашел простое решение: мне следует использовать ключевое слово format='csr' при вызове sparse.kron. Поэтому я определяю

def kron_csr(x, y):
    return sparse.kron(x, y, format='csr')

а потом

arguments = [sigma[i % 3] for i in range(3 * 5)]
result = functools.reduce(kron_csr, arguments)

даст результат всего за 0,005 секунды.


=== Обновление 1 ===

Следуя комментарию ниже, я разделил вычисление на два этапа: сначала вычислил произведение Кронекера матриц Паули 3 * 4, затем вычислил произведение Кронекера этого результата с последними 3 матрицами Паули:

start_time = time.time()
arguments = [sigma[i % 3] for i in range(3 * 4)] # reduces to 3 * 4
first = functools.reduce(sparse.kron, arguments)
second = functools.reduce(sparse.kron, [sigma_x, sigma_y, sigma_z])
result = functools.reduce(sparse.kron, [first, second])

end_time = time.time()
execution_time = end_time - start_time
print(execution_time)

или сначала вычислите произведение Кронекера sigma_x, sigma_y, sigma_z, затем вычислите произведение Кронекера пяти из этих промежуточных матриц,

start_time = time.time()
result_1 = functools.reduce(sparse.kron, sigma)
result = functools.reduce(sparse.kron, [result_1 for i in range(5)])
end_time = time.time()
execution_time = end_time - start_time

Производительность увеличивается примерно до 4–9 секунд.


Время выполнения дает что-то около 11 секунд. Те же вычисления с использованием Mathematica занимают всего около 0,01 секунды.

Sigma = {SparseArray[( {
      {0, 1},
      {1, 0}
     } )], SparseArray[( {
      {0, -I},
      {I, 0}
     } )], SparseArray[( {
      {1, 0},
      {0, -1}
     } )]};

((KroneckerProduct @@ 
     Join @@ Table[{Sigma[[1]], Sigma[[2]], Sigma[[3]]}, {i, 5}]) // 
   Timing)[[1]]

Интересно, как улучшить производительность кода Python (надеюсь, до чего-то подобного в Mathematica)?

Почему редкий? Вы сравнивали его с обычными плотными массивами?

hpaulj 17.06.2024 04:54

@hpaulj Использование np.array занимает примерно такое же время, 11 секунд. Так что в этом примере разреженность или нет в Python не имеет большого значения. А вот в математике Sparse радикально повышает производительность.

Lelouch 17.06.2024 05:08
functools.reduce(sparse.kron, arguments[:i]), массив увеличивается в 4 раза при каждом увеличении i и имеет постоянную разреженность 0,5. Время оценки имеет тенденцию увеличиваться в 3,5 раза на каждом этапе. К 15 вы получаете результат в размерах ГБ. (` 2**30 ~ 1G` )
hpaulj 17.06.2024 07:08

@user24714692 user24714692 о, что ты имеешь в виду под проблемой? Вы имеете в виду сначала сгенерировать произведение Кронекера из матриц Паули 3 * 4, а затем вычислить его произведение с 3 матрицами Паули? Я попробовал это, но затраты времени остались примерно такими же.

Lelouch 17.06.2024 09:17

@user24714692 user24714692 спасибо за советы, я добавил попытку к вопросу с различными способами разбить проблему на более мелкие части. Производительность улучшается примерно до 5 секунд.

Lelouch 17.06.2024 10:13
Почему в Python есть оператор "pass"?
Почему в Python есть оператор "pass"?
Оператор pass в Python - это простая концепция, которую могут быстро освоить даже новички без опыта программирования.
Некоторые методы, о которых вы не знали, что они существуют в Python
Некоторые методы, о которых вы не знали, что они существуют в Python
Python - самый известный и самый простой в изучении язык в наши дни. Имея широкий спектр применения в области машинного обучения, Data Science,...
Основы Python Часть I
Основы Python Часть I
Вы когда-нибудь задумывались, почему в программах на Python вы видите приведенный ниже код?
LeetCode - 1579. Удаление максимального числа ребер для сохранения полной проходимости графа
LeetCode - 1579. Удаление максимального числа ребер для сохранения полной проходимости графа
Алиса и Боб имеют неориентированный граф из n узлов и трех типов ребер:
Оптимизация кода с помощью тернарного оператора Python
Оптимизация кода с помощью тернарного оператора Python
И последнее, что мы хотели бы показать вам, прежде чем двигаться дальше, это
Советы по эффективной веб-разработке с помощью Python
Советы по эффективной веб-разработке с помощью Python
Как веб-разработчик, Python может стать мощным инструментом для создания эффективных и масштабируемых веб-приложений.
2
5
63
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Вы можете решить подзадачи, с помощью которых можно сделать его несколько эффективным:

import numpy as np
from scipy import sparse
import functools
import time


def _kron():
    sigma_x = sparse.csr_matrix(np.array(((0, 1), (1, 0))))
    sigma_y = sparse.csr_matrix(np.array(((0, -1j), (1j, 0))))
    sigma_z = sparse.csr_matrix(np.array(((1, 0), (0, -1))))

    sigma = (sigma_x, sigma_y, sigma_z)

    kron_csr = lambda x, y: sparse.kron(x, y, format='csr')

    def _product(sigma, repeat):
        arguments = (sigma[i % 3] for i in range(3 * repeat))
        return functools.reduce(kron_csr, arguments)

    start_time = time.time()
    result = _product(sigma, 5)
    end_time = time.time()
    execution_time = end_time - start_time
    return f"Execution time: {execution_time} seconds"

print(_kron())

Другие вопросы по теме