Извлечь некоторые части строки в первом столбце

Я бы использовал команду вырезания, предложенную @jetchisel (с небольшой поправкой для гольфа). Используйте > в качестве разделителя полей и распечатайте второе поле:

$ cut -d\> -f2 input.txt
NC_000913.3   562
NC_007164.1   3827
NC_003080.1   38291
NC_002620.2   83560

Вот решения bash, awk и sed по тегам. Решения bash и sed удаляют префикс строки.

$ while read -r; do echo "${REPLY#*>}"; done < input.txt
NC_000913.3   562
NC_007164.1   3827
NC_003080.1   38291
NC_002620.2   83560

$ awk -F \> '{print $2}' input.txt
NC_000913.3   562 
NC_007164.1   3827 
NC_003080.1   38291 
NC_002620.2   83560

$ sed 's/.*>//' input.txt
NC_000913.3   562
NC_007164.1   3827
NC_003080.1   38291
NC_002620.2   83560