Как использовать функцию ЕСЛИ 1 раз?

В общем, я бы проверил его только на новый Highscore, что уже сокращает работу.

А затем добавьте простой флаг, который контролирует, что сообщение отображается только при первом достижении 25.

В общем, я бы также не стал проходить шаблоны Singleton вперед и назад, а скорее назвал бы это так

bool congrats25alreadyDisplayed;

private void Awake ()
{
    congrats25alreadyDisplayed = PlayerPrefs.GetInt("congrats25", 0) > 0;
}

public void IncrementScore()
{
    // Add to the score
    score++;

    // Update the score text
    scoreText.text = score.ToString();

    // Is there a new hiscore?
    if (score > hiscore)
    {
        // Set the new hiscore
        hiscore = score;

        // Save the new hiscore
        PlayerPrefs.SetInt("hiscore", hiscore);

        // Update the hiscore text
        hiscoreText.text = hiscore.ToString();

        if (hiscore >= 25 && !congrats25alreadyDisplayed)
        {
            // Set flag so never displayed again
            congrats25alreadyDisplayed = true;
            PlayerPrefs.SetInt("congrats25", 1);
            PlayerPrefs.Save();

            Congratulations.instance.Score25Congratulations();
        }
    }
}

А в другом вашем скрипте просто

public void Score25Congratulations()
{ 
    Congratulations25.SetActive(true);
    Time.timeScale = 0f;
}

Просто примечание: это Highscore ;)