Как удалить все строки, где хотя бы один столбец не имеет значения 1?

Вы можете использовать

library(dplyr)

filter(df, if_any(!contains("coords"), ~ .x == 1))

#         coords.x  coords.y 1 2  3
#Point 2 -69.91902 -15.86905 1 1 NA
#Point 3 -69.90793 -15.79660 0 0  1
#Point 5 -69.84020 -15.81637 1 0 NA

Данные:

> dput(df)
structure(list(coords.x = c(-69.07354, -69.91902, -69.90793, 
-69.86849, -69.8402), coords.y = c(-15.76097, -15.86905, -15.7966, 
-15.865, -15.81637), `1` = c(0, 1, 0, 0, 1), `2` = c(NA, 1, 0, 
0, 0), `3` = c(NA, NA, 1, NA, NA)), class = "data.frame", row.names = c("Point 1", 
"Point 2", "Point 3", "Point 4", "Point 5"))

Используя R {base}, нет необходимости конвертировать в фрейм данных.

Данные.

dd<-
structure(list(coords.x = c(-69.07354, -69.91902, -69.90793, 
-69.86849, -69.8402), coords.y = c(-15.76097, -15.86905, -15.7966, 
-15.865, -15.81637), `1` = c(0, 1, 0, 0, 1), `2` = c(NA, 1, 0, 
0, 0), `3` = c(NA, NA, 1, NA, NA)), class = "data.frame", row.names = c("Point 1", 
"Point 2", "Point 3", "Point 4", "Point 5"))

Выберите последние три столбца по своему усмотрению.

l3 <- dd[, -(1:2)]                # Remove the first 2 columns.
l3 <- dd[, c("1", "2", "3")]      # Select by column name.
l3 <- dd[, tail(names(dd), 3)]    # By the last three names.
l3 <- dd[, (ncol(dd)-2):ncol(dd)] # Select the last three columns
l3 <- dd[, 2 + seq(3)]            # Three columns after the headers.
l3 <- cbind(dd$"1",dd$"2",dd$"3") # As a matrix.

Сохраняет строки, содержащие хотя бы одну 1.

# Index, TRUE if row contains at least one 1.
idx <- rowSums(l3, na.rm=TRUE) > 0
SpeciesPoints <- dd[idx, ]
SpeciesPoints  

Предполагая, что ваша исходная матрица

mm <- 
structure(c(-69.07354, -69.91902, -69.90793, -69.86849, -69.8402, 
-15.76097, -15.86905, -15.7966, -15.865, -15.81637, 0, 1, 0, 
0, 1, NA, 1, 0, 0, 0, NA, NA, 1, NA, NA), dim = c(5L, 5L), dimnames = list(
    c("Point 1", "Point 2", "Point 3", "Point 4", "Point 5"), 
    c("coords.x", "coords.y", "1", "2", "3")))


# You can avoid conversion to a data frame.
SpeciesPoints  <- mm[rowSums(mm[, 3:5], na.rm=TRUE) > 0, ]