




Найдите ненулевые элементы, вычтите 1 и замените их на их индексы.
NAV(NAV~=0) = NAV(NAV~=0)-1;
Ваш код, кстати, не выполняет то, что вы просили. Ваш код уменьшает положительные элементы; не ненулевые элементы.
Векторизованная версия вашего цикла:
NAV(NAV>0) = NAV(NAV>0)-1;