Оценка производительности элементов в функции R
Я знаю, что можно оценить время, необходимое для выполнения функции (например, с помощью sys.time(), но есть ли способ оценить функцию и посмотреть, какой элемент внутри функции занимает больше всего времени/кратчайшего времени?
Так, например, учитывая приведенный ниже код, я смогу проверить производительность функции и определить, что для запуска 1 function_long является узким местом, а для запуска 2 function_custom является проблемой.
function_short <- function(){
Sys.sleep(2)
}
function_long <- function(){
sys.sleep(8)
}
function_custom <- function(x){
sys.sleep(x)
}
function_to_test <- function(x){
print("Starting function")
print("2 second rest..")
function_short()
print("8 second rest..")
function_long()
print(paste0(x), " second rest..")
function_custom(x)
}
# test these
## run 1
function_to_test(1)
## run 2
function_to_test(10)
profvis::profvis(function_to_test(1)) может подойти вам здесь. github.com/r-lib/profvis
Ответы 1
Обновлено: есть несколько разных вариантов. Вы можете использовать встроенный профилировщик следующим образом
function_short <- function(){
Sys.sleep(2)
}
function_long <- function(){
Sys.sleep(8)
}
function_custom <- function(x){
Sys.sleep(x)
}
function_custom <- function(x){
Sys.sleep(x)
}
function_to_test <- function(x){
print("Starting function")
print("2 second rest..")
function_short()
print("8 second rest..")
function_long()
print(paste0(x), " second rest..")
function_custom(x)
}
Rprof('my_fun')
function_to_test(2)
#> [1] "Starting function"
#> [1] "2 second rest.."
#> [1] "8 second rest.."
#> Warning in print.default(paste0(x), " second rest.."): NAs introduced by
#> coercion
#> Error in print.default(paste0(x), " second rest.."): invalid printing digits -2147483648
Rprof(NULL)
Created on 2024-08-16 with reprex v2.1.1
и в терминальном запуске 'R CMD Rprof my_fun, который ловит некоторые горлышки бутылок. В качестве альтернативы вы можете сделать
script = 'function_short <- function(){
Sys.sleep(2)
}
function_long <- function(){
Sys.sleep(8)
}
function_custom <- function(x){
Sys.sleep(x)
}
function_custom <- function(x){
Sys.sleep(x)
}
function_to_test <- function(x){
print("Starting function")
print("2 second rest..")
function_short()
print("8 second rest..")
function_long()
print(paste0(x), " second rest..")
function_custom(x)
} '
writeLines(script, con = "script.R")
source('script.R')
profvis::profvis(function_to_test(2))
Это откроет интерактивное представление времени выполнения каждой части функции.
Created on 2024-08-16 with reprex v2.1.1
Я думаю, что это хорошее решение, ЕСЛИ функция относительно проста и я хочу изменить исходный код функции. Я могу держать это в заднем кармане
Я подозреваю, что это не то, чего хочет ОП. Это печатает только время выполнения всей функции; он не сообщает, какие части функции требуют много времени.
ААХ, я понимаю, что ты имеешь в виду! Извините за это. Я отредактировал свой ответ
@Friede: Прочтите документацию для Rprof(). Вы можете получить его в профиле по исходной строке, используя line.profiling = TRUE (при условии, что вы сохранили информацию о строке в функциях).
@ user2554330, пожалуйста, обратите внимание на внесенные изменения и временные метки комментариев. Спасибо.
@JoshAllen Кажется, метод profvis - это то, что я ищу. Однако почему его нужно использовать в виде сценария, а не загружать в среду? Если я запущу его только с исходным кодом, произойдет ошибка could not find function "sys.sleep"
@acircleda это просто опечатка Sys.sleep . Почему source vs profvis({function_to_test}) судя по тому, что я понял на странице часто задаваемых вопросов Sys.sleep не зарегистрируется, так что вам придется немного схитрить. Почему source делает трюк, я, честно говоря, понятия не имею
Вы пробовали
Rprof()или одну из оберток для него (например, в RStudio)?