Подстрока {.col} из mutate(across()) на лету
Скажем, у меня есть следующие данные:
df <- structure(list(treat = structure(1:4, levels = c("Control", "Treatment 1",
"Treatment 2", "Treatment 3"), class = "factor"),
female_n = c(314709L, 10456L, 10481L, 10455L), female_mean = c(0.506,
0.506, 0.504, 0.5), female_sd = c(0.5, 0.5, 0.5, 0.5), birth_year_n = c(314709L,
10456L, 10481L, 10455L), birth_year_mean = c(1973.74, 1973.654,
1973.486, 1973.766), birth_year_sd = c(16.867, 16.997, 16.869,
16.89), provided_phone_no_n = c(314709L, 10456L, 10481L,
10455L), provided_phone_no_mean = c(0.656, 0.666, 0.663,
0.647), provided_phone_no_sd = c(0.475, 0.472, 0.473, 0.478
), dem_n = c(314709L, 10456L, 10481L, 10455L), dem_mean = c(0.48,
0.474, 0.482, 0.478), dem_sd = c(0.5, 0.499, 0.5, 0.5), rep_n = c(314709L,
10456L, 10481L, 10455L), rep_mean = c(0.136, 0.141, 0.142,
0.138), rep_sd = c(0.343, 0.348, 0.349, 0.345), uaf_n = c(314709L,
10456L, 10481L, 10455L), uaf_mean = c(0.363, 0.365, 0.357,
0.363), uaf_sd = c(0.481, 0.481, 0.479, 0.481)), class = c("tbl_df",
"tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -4L))
Я хочу добавить новый столбец *_se, который принимает в качестве входных данных существующие столбцы *_n и *_sd для каждой группы переменных в моих данных. Т.е. по одному на каждый из female_*, birth_year_*, provided_phone_no_*, dem_*, rep_* и uaf_*.
Пытаясь сделать это, я думаю, что mutate(across()), вероятно, является подходящей вспомогательной функцией, но у меня возникли некоторые проблемы с подстрокой {.col} и получением R распознать ее как имя столбца. Это моя попытка:
df %>%
mutate(
across(ends_with("_sd"),
list(
se = ~.x / sqrt(!!ensym("{str_replace(.col, '_sd', '_n')}"))
)
)
Вышеупомянутое возвращает ошибку:
Error in `ensym()`:
! `arg` must be a symbol
Backtrace:
1. ... %>% ...
10. rlang::abort(message = message)
Может ли кто-нибудь увидеть, где я ошибаюсь?
Спасибо @LMc. У меня было ощущение, что я ошибаюсь; я думал, что ensym() говорил R, что это действительно переменная, поэтому, пожалуйста, оцените ее и относитесь к ней как к таковой. Я только что опробовал подход glue и получил сообщение, похожее на другие попытки, но я собираюсь использовать подход Pivot_longer / более широкий, которым вы поделились ниже.
Не используйте ensym() используйте sym()! Кроме того, внутри вашей поперечной функции нет .col, характерного для аргумента .names. Используйте cur_column(), чтобы получить имя столбца.
Это всего лишь советы, которые помогут понять некоторые проблемы вашего кода. В целом я не думаю, что удастся ввести имя столбца так, как вы пытаетесь.
Я это понимаю (и ценю). Я не собираюсь продвигать этот подход, но мне очень хочется понять механику/точку отказа – подозреваю, что этому можно научиться в другой раз.
Ответы 1
Это действительно идеальная ситуация для перевода ваших данных в длинный формат, а затем обратно в широкий формат:
library(tidyr)
library(dplyr)
df |>
pivot_longer(cols = -treat,
names_pattern = "(.*)_(.*)",
names_to = c("grp", ".value")) |>
mutate(se = sd / sqrt(n)) |>
pivot_wider(names_from = grp,
values_from = n:se,
names_glue = "{grp}_{.value}",
names_vary = "slowest")
#> # A tibble: 4 × 25
#> treat female_n female_mean female_sd female_se birth_year_n birth_year_mean
#> <fct> <int> <dbl> <dbl> <dbl> <int> <dbl>
#> 1 Control 314709 0.506 0.5 0.000891 314709 1974.
#> 2 Alexand… 10456 0.506 0.5 0.00489 10456 1974.
#> 3 Politic… 10481 0.504 0.5 0.00488 10481 1973.
#> 4 Mark yo… 10455 0.5 0.5 0.00489 10455 1974.
#> # ℹ 18 more variables: birth_year_sd <dbl>, birth_year_se <dbl>,
#> # provided_phone_no_n <int>, provided_phone_no_mean <dbl>,
#> # provided_phone_no_sd <dbl>, provided_phone_no_se <dbl>, dem_n <int>,
#> # dem_mean <dbl>, dem_sd <dbl>, dem_se <dbl>, rep_n <int>, rep_mean <dbl>,
#> # rep_sd <dbl>, rep_se <dbl>, uaf_n <int>, uaf_mean <dbl>, uaf_sd <dbl>,
#> # uaf_se <dbl>
Если вы действительно хотели сделать это в широком формате, вот одно из возможных решений:
library(dplyr)
library(stringr)
df |>
mutate(across(ends_with("_sd"), \(x) {
x / sqrt(pick(all_of(str_replace(cur_column(), "_sd", "_n")))[[1]])
},
.names = "{str_remove(.col, '_sd')}_se"
))
Ваша проблема в том, что вы используете синтаксис стиля клея в обычной строке. Выполнение команды
"{str_replace(.col, '_sd', '_n')}"вернет..."{str_replace(.col, '_sd', '_n')}", и вы передаете этоensym(). Вам нужно сделать что-то вродеglue::glue("{str_replace(.col, '_sd', '_n')}")илиstringr::str_glue("{str_replace(.col, '_sd', '_n')}").str_glue()— это просто оболочка вокругglue::glue().