Поведение Docker в командной строке отличается от интерактивного приглашения

У меня есть образ Docker, который не может найти зависимости Perl при запуске из командной строки, но работает нормально, если я выполняю ту же команду из интерактивной подсказки в образе Docker.

Я запускаю этот образ из командной строки следующим образом:

docker run --rm -v /srv/data:/srv/data wgs_binning -i /srv/data/contigs.fna.gz -c /srv/data/coverage.tsv -o /srv/data/test_binning

Это приводит к следующей проблеме, связанной с зависимостями Perl:

Невозможно найти LWP/Simple.pm в @INC (возможно, вам придется установить LWP::Простой модуль) (@INC содержит: /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.36.0 /usr/local/share/perl/5.36.0 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.36 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.36 /usr/share/perl/5.36 /usr/local/lib/site_perl) в строке 4 /opt/conda/bin/run_MaxBin.pl. Ошибка BEGIN: компиляция прервана в строке /opt/conda/bin/run_MaxBin.pl. 4.

Я получаю доступ к интерактивному приглашению образа Docker с помощью:

docker run --rm -it -v /srv/data:/srv/data --entrypoint bash wgs_binning

Если я запускаю следующее в интерактивной подсказке, оно выполняется без проблем:

python3 биннинг -i /srv/data/contigs.fna.gz -c /srv/data/coverage.tsv -o /srv/data/test_binning

Точкой входа в мой Dockerfile является ENTRYPOINT ["python3", "binning"], поэтому я ожидал, что поведение в этих двух ситуациях будет идентичным.

Есть ли какая-то разница в путях или разрешениях между запуском команды в командной строке и в интерактивной строке?

Программа-нарушитель здесь называется MaxBin и устанавливается в Dockerfile через mamba. Не уверен, что это имеет значение, но, возможно, существует взаимодействие между средой conda/mamba, которое различается в двух описанных мной сценариях?

Спасибо, Донован

Полный Dockerfile выглядит следующим образом:

FROM python:3.12.4-slim-bookworm

LABEL description = "Recover MAGs from assembled contigs using UniteM."
LABEL maintainer = "Donovan Parks <[email protected]>"
LABEL version = "0.1.0"

# install additional Linux dependencies
RUN apt-get update -y -m && \
    DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get install --no-install-recommends --no-install-suggests -y \
    wget && \
    apt-get clean && \
    rm -rf /var/lib/apt/lists/*

# install Mambaforge
RUN wget --quiet https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-Linux-x86_64.sh -O ~/mambaforge.sh && \
    /bin/bash ~/mambaforge.sh -b -p /opt/conda && \
    rm ~/mambaforge.sh

# Put mamba in path so we can use mamba commands
ENV PATH = "${PATH}:/opt/conda/bin"

# initialize shell with conda
RUN /opt/conda/bin/conda init bash

# install bioinformatics tools with mamba where available
RUN mamba install -c bioconda \
    metabat2=2.15 \
    maxbin2=2.2.7 \
    && mamba clean --all

# activate the virtual environment and install dependencies
WORKDIR /wgs_pipeline/dependencies
RUN /opt/conda/bin/pip install --upgrade pip
COPY KBL/requirements.txt requirements.txt
RUN /opt/conda/bin/pip install -r requirements.txt unitem==1.2.6 checkm-genome==1.2.3

# install KBL and WPL libraries
WORKDIR /wgs_pipeline/libraries
COPY wgs_pipeline/wgs_pipeline/wpl/*.py ./wpl/
COPY KBL/kbl/*.py ./kbl/
COPY KBL/kbl/external/*.py ./kbl/external/

# add KBL and WPL libraries to Python path
ENV PYTHONPATH = "/wgs_pipeline"
ENV PYTHONPATH = "/wgs_pipeline/libraries:${PYTHONPATH}"

# copy WGS application script(s)
WORKDIR /wgs_pipeline/apps
COPY wgs_pipeline/wgs_pipeline/apps/binning/*.py ./binning/
ENTRYPOINT ["python3", "binning"]