Создать экземпляр из класса шаблона

Во-первых, ваше in_type определение неверно, typename T должно быть первым параметром (подробнее о правилах замены см. этот ответ).

Во-вторых, вы не можете использовать Size в Pebble<5, short_vector<Size>, short>, поскольку он недоступен в этом контексте. Поэтому вы должны явно указать параметр размера для short_vector, как в Pebble<5, short_vector<5>, short>.

Альтернативно вы можете передать параметр шаблона шаблона, чтобы не указывать размер дважды.

Пример:

#include <concepts>
#include <stddef.h>
#include <array>

template<size_t S>
using short_vector = std::array<short, S>;

template<size_t S>
using float_vector = std::array<float, S>;

template <typename T>
concept out_type = (std::same_as<T, short> || std::same_as<T, float>);

template <typename T, typename A, typename B>
concept in_type = (std::same_as<T, A> || std::same_as<T, B>);

template <size_t Size, in_type<short_vector<Size>, float_vector<Size>> I, out_type O>
class Pebble
{  
};

Pebble<5, short_vector<5>, short> a;

template <size_t Size, template<size_t S> typename I, out_type O>
    requires in_type<I<Size>, short_vector<Size>, float_vector<Size>>
class Pebble2
{  
};

Pebble2<5, short_vector, short> b; // pass `short_vector` as template template parameter