Ggplot: Как объединить два поля легенды и придать ключам легенды любой желаемый порядок?

Просто измените colour на fill в geom_point и измените shape.

Пара замечаний:

• Я добавил show.legend = FALSE в geom_point, чтобы не показывать точки на каждой метке легенды. Если вы попытаетесь удалить его, вы поймете, что я имею в виду.
• Я отредактировал scale_fill_manual, добавив Z и 'black'.

Так:

ggplot() +
  # Stacked bars
  geom_col( data = bar_data, 
            aes( y = value,
                 x = group,
                 fill = variable
            )
  ) +
  # Point
  geom_point( data = line_data,
              aes( y = value,
                   x = group,
                   fill = "Z"
              ), shape = 20, size = 3, show.legend = FALSE
  ) +
  theme(
    legend.key.height = unit(.15,"cm"),
    legend.key.width = unit(.8,"cm"),
    legend.position = "bottom",
    legend.title = element_blank()
  ) +
  scale_fill_manual(values = c("#005390", "#B6C5DE", "#082A4A", "#7AACF6", "#00B0F0", "black"),
                    labels = c("A", "B", "C", "D", "E", "Z")
  ) +
  guides(fill = guide_legend(ncol = 2))

Обновлено: основываясь на принятом решении, я оставлю здесь очень похожий код, но только на основе data.table. Кроме того, я написал другой ввод guide_legend, поскольку тот, который указан в принятом решении, не работал на моей машине.

library(data.table)
library(ggplot2)

data <- melt(plot_data, id.vars = c("unit", "group"))

ggplot() +
  # Stacked bars
  geom_col( 
    data = data[variable != "varZ"], 
    aes(y = value,
        x = group,
        fill = variable)
  ) +
  # Point
  geom_point(
    data = data[variable == "varZ"],
    aes(y = value,
        x = group,
        colour = variable)
  ) +
  theme(
    legend.key.height = unit(.15,"cm"),
    legend.key.width = unit(.8,"cm"),
    legend.position = "bottom",
    legend.title = element_blank()
  ) +
  scale_fill_manual(
    values = c("#005390", "#B6C5DE", "#082A4A", "#7AACF6", "#00B0F0", "black"),
    labels = c("A", "B", "C", "D", "E", "Z"),
    aesthetics = c("colour", "fill"),
    guide = guide_legend(ncol = 2, byrow = TRUE)
  )

Чтобы переупорядочить элементы легенды, проще просто изменить порядок факторов, прежде чем создавать график. В вашем примере вы можете сделать это с помощью простой строки кода, например:

bar_data$variable <-factor(bar_data$variable,levels=c('varE', 'varC', 'varA','varB', 'varD'))

С точки зрения объединения точки и цветов для вашего графика, это может быть сложно при использовании двух типов переменных (но, как правило, это можно обойти). Если Z представляет собой сумму обработок (и, следовательно, отличается от переменных A-E), у меня возникнет соблазн вообще не включать ее в легенду (поскольку она технически не эквивалентна другим буквам), а вместо этого объяснить, что означают черные точки. подпись под рисунком.

Если я ошибаюсь, и Z эквивалентен другим буквам, то, возможно, рассмотрите возможность добавления его в тот же фрейм данных bar_data и построения его единым способом.

Вы можете легко добиться желаемого результата, работая с одним набором данных, включающим все категории, и преобразуя variable в factor. Затем используйте отфильтрованный набор данных для каждого из geom, сопоставьте variable с color aes также в geom_point и, наконец, примените один и тот же масштаб как к color, так и к fill aes, чего можно добиться с помощью аргумента aesthetics=.

Для порядка категорий в легенде. Чтобы упорядочить категории по строкам, вы можете установить legend.byrow=TRUE, а для достижения любого желаемого порядка вы можете использовать аргумент limits. В последнем случае (но я бы предложил это в целом) используйте именованный вектор цветов и меток, чтобы они были назначены правильным категориям при изменении ограничений.

library(ggplot2)
library(tidyr)
library(dplyr, warn = FALSE)

plot_data <- plot_data |>
  tidyr::pivot_longer(!c(unit, group), names_to = "variable") |>
  dplyr::mutate(variable = factor(variable))

pal_color <- c("#005390", "#B6C5DE", "#082A4A", "#7AACF6", "#00B0F0", "black")
labels_color <- c("A", "B", "C", "D", "E", "Z")

names(pal_color) <- names(labels_color) <- levels(plot_data$variable)

p <- ggplot(mapping = aes(
  y = value,
  x = group
)) +
  geom_col(
    data = dplyr::filter(plot_data, variable != "varZ"),
    aes(
      fill = variable
    )
  ) +
  geom_point(
    data = dplyr::filter(plot_data, variable == "varZ"),
    aes(
      color = variable
    )
  ) +
  theme(
    legend.key.height = unit(.15, "cm"),
    legend.key.width = unit(.8, "cm"),
    legend.position = "bottom",
    legend.title = element_blank()
  ) 

p +
  scale_fill_manual(
    values = pal_color,
    labels = labels_color,
    aesthetics = c("color", "fill"),
    guide = guide_legend(ncol = 2, theme = theme(legend.byrow = TRUE))
  )

p +
  scale_fill_manual(
    values = pal_color,
    labels = labels_color,
    aesthetics = c("color", "fill"),
    guide = guide_legend(ncol = 2),
    limits = c("varD", "varE", "varZ", "varA", "varB", "varC")
  )

Базовое решение R:

cols <- c("#005390", "#B6C5DE", "#082A4A", "#7AACF6", "#00B0F0")

plot_data.neg <- plot_data.pos <- plot_data[,c(2,4:8)]
plot_data.pos[,2:6][plot_data[,4:8] <0] <- 0
plot_data.neg[,2:6][plot_data[,4:8]>=0] <- 0

ylim <- c(min(colSums(plot_data.neg[,2:6])) * 1.15, 
          max(colSums(plot_data.pos[,2:6])) * 1.15)

par(mar=c(3,2,1,1), las=1)
bp <- barplot(cbind(varE, varD, varC, varB, varA)~group, 
              data=plot_data.pos,
              ylim=ylim,
              legend.text=c("Z", LETTERS[5:1]),
              args.legend=list(x = "topright", nc=2, box.lty=0,
                               fill=c(cols, NA),
                               border=NA, 
                               pch=c(rep(NA, 5), 21),
                               pt.bg = "red", col = "black"),
              col=rev(cols),
              axis.lty = 1
)

barplot(cbind(varE, varD, varC, varB, varA)~group, 
        data=plot_data.neg,
        ylim=rev(ylim),
        col=rev(cols),
        add=TRUE
)

points(bp, plot_data$varZ, pch=21, bg = "red", col = "black")