Перенести фрейм данных в список и не включать значение NA

Аналогично комментарию выше:

lapply(ori_df, function(x) x[!is.na(x)])

Та же идея, но с purrr:

library(purrr) 
my_purrr_list <- map(as.list(my_df), discard, is.na)

my_purrr_list
#> $category
#> [1] "a" "b"
#> 
#> $subcategory
#> [1] "w" "Z"

Или без map/apply:

library(tidyverse) # tidyr, dplyr
library(magrittr)  # %$% pipe

my_dplyr_list <- my_df %>% 
  pivot_longer(everything()) %>% # columns must be the same type
  filter(!is.na(value)) %$% 
  split(value, .$name)
        
my_dplyr_list
#> $category
#> [1] "a" "b"
#> 
#> $subcategory
#> [1] "w" "Z"

Данные игрушки:

my_df <- data.frame(category = c('a', 'b', NA), subcategory = c('w', NA, 'Z'))

^{Created on 2024-07-19 with reprex v2.1.0}